纯化的质粒DNA内毒素污染水平取决于所用的纯化方法(参见"Endotoxin levels in plasmid preparations")。硅胶技术纯化的DNA具有非常高的内毒素水平。QIAGEN、QIAfilter、HiSpeed Plasmid Kits和两次CsCl超速离心可获得相对低水平内毒素的纯DNA。EndoFree Plasmid Buffer Set包含完整的内毒素去除步骤,获得<0.1 EU/µg的质粒DNA。
QIAfilter、HiSpeed和EndoFree Plasmid Kits提供的QIAfilter Cartridges是特殊设计的过滤装置,用于代替细菌细胞碱裂解后的离心步骤。QIAfilter Cartridges可完全去除SDS沉淀,清除细菌裂解液,相比离心可大量节约时间,减少1小时的质粒纯化时间。QIAfilter Cartridges(不提供EndoFree Plasmid Buffer Set)可轻松有效的澄清细菌裂解液。
QIAGEN-tips中独特的阴离子交换树脂(不提供EndoFree Plasmid Buffer Set)专为核酸纯化而开发。它的分离性能使得DNA纯度与连续两次CsCl梯度离心获得的DNA纯度相当。由重力流驱动并持续运转的预装QIAGEN-tips,限度减少手动制备质粒所需的时间。整个QIAGEN质粒纯化系统不使用有毒物质,如苯酚,氯仿,溴化乙锭和CsCl,限度地减少对用户和环境的危害。
内毒素,又称脂多糖或LPS,是革兰氏阴性菌细胞膜的组成部分,如大肠杆菌(参见Bacterial cell wall)。内毒素在质粒裂解纯化过程中释放,并显著地降低对内毒素敏感的细胞株的转染效率(参见Plasmid purification method versus transfection efficiency和Plasmid purity versus transfection efficiency)。此外,内毒素与DNA竞争“自由”转染试剂,影响转染实验。内毒素也诱导巨噬细胞和B细胞等免疫细胞中的非特异性免疫反应,从而导致转染结果的误读。这些反应包括诱导蛋白质和脂类,如IL-1和前列腺素的合成。总体而言,内毒素在转染实验中是不可控变量,影响结果的可重复性,使它们难以对比、解读。在基因ZL研究中,内毒素可造成内毒素休克综合症和激活补体级联,干扰研究。