本公司采用自主研发与成熟开源软件相结合的方式构建了专业GX的生物信息分析流程,对您获得的海量RNA-seq序列的质量、特征等重要信息进行图形可视化;对两个以上生物学样本之间的差异表达基因进行可信分析;对差异表达所揭示出的重要科学问题进行中肯分析;让您快速“发现”所关注生物学问题,医学问题和农业问题的答案。 “两个生物学样品”指从两种具有确定差异的细胞中所获得的样品。 我们的流程: 1. Pretreatment(有效序列Reads提取) - 高通量测序质量评估,获得测序有效读长。
- 剔除每条序列中的index序列和adaptor序列。
- 获得有效序列总数。
1. Mapping (全基因组定位):让您“看见”自己样品中mRNA和ncRNA的分布状态。 - Reads mapping: total mapped, unique mapped, multiple mapped.
- Genomic distribution of the mapped reads。包括基因不同区域分布分析:
(1) 5’UTR,CDS, 3’UTR,intron and intergenic region (2) sense and antisense region (3) mRNA and ncRNA region 1. mRNA coverage analysis(mRNA覆盖度分析):让您“看见”自己样品中mRNA的质量和特征。 - 盒须图分析mRNA不同区的read coverage,以intron区作对照。
- Reads 在均一化的mRNA上的分布图。
1. Expression analysis (mRNA 表达量分析):让您“看见”自己样品中每个基因的表达量。 - 通过严格的标准化获得您样品中每个基因的可信表达丰度。
- 根据表达丰度对您样品中的基因分布趋势进行可视化。
1. DEG analysis(差异表达分析):让您“发现”自己的实验组与对照组样品中相应的差异表达基因,及其它们所在的生物学通路,帮助您“揭示”自己所感兴趣生物学、医学和农业问题的答案。 - 不同的实验样品与对照样品对比,获得高可信度的差异表达基因。
- 对差异表达的基因进行功能聚类分析。
- 根据功能聚类,从您前期的研究成果和您研究领域的进展“挖掘出”您感兴趣问题的答案。
1. Co-DEG analysis(共差异表达分析):让您“发现”不同实验组样品中基因表达共同发生变化的趋势,所在的生物学通路,帮助您快速“揭示”自己所感兴趣生物学、医学和农业问题的答案。 - 在DEG分析的基础上,对三个以上的生物学样品根据需要进行共差异分析。
- 发现共同变化基因。包括同向变化(共同上调,共同下调)和异向变化。根据同向调控趋势“揭示”不同实验样品之间内在的联系。
- 对差异表达的基因进行功能聚类分析。
- 根据功能聚类,从您前期的研究成果和您研究领域的进展“挖掘出”您感兴趣问题的答案。
1. 为客户提供DEG和Co-DEG结果的验证策略。 2. 为客户提供5和6中所揭示出来的内在生物学规律和机制的验证方案。 我们的承诺: - 提交您专业的项目结题报告。
- 两个生物学样品分析完成时间一般为5-7个工作日。
- 三个生物学样品分析完成时间一般为6-9个工作日。
您需要提供的样品: 如果您的RNA-seq过程不是在本公司完成,请您提供原始测序数据,样品介绍,以及您的项目需求。分析结果的可信度和深度依赖于您的测序质量和有效reads的数量。 您可以期待超值礼物在您的项目结题报告中: - 我们将针对每一个高级分析流程,为您输出高质量的专业结果展示图片和图表,每个结果予以严谨专业的中英文对照说明。
- 我们针对分析获得的结果,您提供的前期实验结果以及相关领域的研究进展,揭示出至少一个重要的基因表达和调控规律。并用严谨的科学论述方式展示给您。让您体会专业的惬意。
当您的需求不在我们现有的基因组分析产品内时: 我们愿意竭诚针对您特殊的业务需求,为您提供量身定做的个性化服务。您的要求和我们满足您要求的技术方案等将在国家科技部规范的“技术开发(委托)合同”中一览无遗。相信我们的专业化高端技术服务会让您所有的基因组数据闪闪发光。 |