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为了了解LHX2是如何稳定的与Greek island接触的,作者研究了LHX2(LIM区域蛋白)是否招募了边缘结合蛋白(LDB1)。作者对LDB1进行的染色质免疫沉淀和测序(ChIP-seq),发现mOSNs与LHX2峰有密切重叠。与此一致的是,每个Greek island都以LHX2-dependent的方式被LDB1绑定。在mOSNs中删除LDB1,导致反式Greek island和远距离顺式Greek island相互作用的强烈减少(图4a, b),OR集群之间反式交互减少,在全基因组中效应更弱。值得注意的是,RNA-seq显示LDB1的缺失导致ORs广泛的转录下调(图4c),其可能受限于OR家族(图4d)。
4. Greek islandZX与活跃的OR基因有关
为了检测Greek islandZX是否通过与OR基因直接相互作用调节OR转录,作者在OR基因 Olfr16、Olfr17和Olfr1507进行了原位Hi-C实验。在这些OSN种群中,整体OR集群网络与Greek island的相互作用在很大程度上是相同的,但也观察到OSN类型特异性变异。然而,在每一种OSN类型中,转录活跃的OR始终与Greek islands形成频繁的相互作用。例如,在OLFR16+ OSNs中,OLFR16位点与Greek islands的顺式长交互和反式相互作用强烈,5%的Hi-C接触点映射到Olfr16。在OLFR17+OSNs和OLFR1507+ OSNs中,它主要与附近的Greek islands相互作用(图5a, b)。值得注意的是,在OLFR16+细胞中,相对于完整的OR谱,Greek island上的联系在Olfr16位点得到额外的加强(图5b, 5c)。因此,通过基因与Greek islands的累积相互作用,原位Hi-C可以准确地从近1000个基因中识别到转录活跃的OR。