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在人类的消化系统中，生存着一个由细菌构成的庞大生态系统，叫做肠道菌群或者肠道菌丛。Z 近的研究表明，这些微生物可以通过操纵大脑，让宿主吃下不健康的食物，甚至让宿主感觉紧张和消沉。这些都是细菌的生存环境优化策略的一部分。肠道微生物群可以通过迷走神经影响其宿主的进食模式。迷走神经是一条从脑延伸到肠道的神经， 微生物能够修改迷走神经中的神经信号，改变味觉接收器，产生毒素以及释放化学奖励，并通过上述行为达到操控行为和情绪的目的。 
除了与迷走神经密不可分，肠道还连接着内分泌系统和免疫系统，这意味着这些微生物群还能够影响这些系统，但是研究者尚未搞清楚具体的方式。 
微生物群与人体的细胞数量比是10比1（Z新研究是1.3：1，尽管它们的细胞要远比人类的小）。细菌能让它们的宿主渴望富含糖和脂肪的不健康食品，因此被认为是造成肥胖的因素之一。研究人员还发现我们的肠道菌群与肿瘤的生长有关，可能是一些胃癌以及其他类型癌症的肇因。