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pBV220含有PL启动子和编码对该启动子具有YZ作用而又对温度敏感的cI蛋白基因cIts857调控基因cI,因此可用温度对插入其中的外源基因的转录进行调控。
pBV220是温控型原核表达载体,高拷贝数,大容量,强启动子,强转录终止子,可在任何受体菌中诱导表达。pBV220载体是λPL/PR-cI857温度敏感系统表达载体,能够在42℃表达非融合的目的蛋白。在利用pBV220载体进行质粒构建的时候,需要加入ATG起始密码子。pBV220质粒属于温度诱导表达型,培养温度为30℃,诱导温度为42℃。
微生物多样化多到可怕,而且复杂。任何特殊处理都会改变其组成部分。即使是微生物菌群Z小的变化或者相对丰度改变,也会极大的干扰群体比对,因此微生物组学实验中样品收集和储存方法引起的变化越小越好。
1、样品均质化
原始样品的保真性从收集样品的那一刻就开始了。步需要确保的是获得的是一个均匀的样品,2015年,一组研究人员完成了一项人肠道微生物组的研究,他们将液氮粪便样品通过研钵及研杵捣碎,使之成为粉末状小样品,然后转移到试管中,?80°C储存。比较于之前的方法,这种制备样品的方法能减少微生物组成上出现的可变性。
土壤样品具有更加复杂的组分,因此科学家们建议将土壤样品放到搅拌机中,充分搅碎颗粒物。他们也建议在初次收集样品后再进行多次等分分装,因为多次反复冻融会破坏核酸,这一点其实很多实验室研究人员都知道。比如研究人员可以采用无菌一次性活检钳(biopsy punch)从一个更大的原始样品中收集几乎相同大小的冻存粪便颗粒,然后直接将这些颗粒放入含有核酸裂解液中的提取管中。这种方法就是对原始样品进行等分,可以为科学家们节约一次冻融重复循环。
2014年,美国福赛思研究所、麻省综合医院(MGH)和哈佛大学公共卫生学院等处的科学家,开发出一种新的方法,收集用于基因组和转录组分析的唾液与粪便。该方法不需要专业人员和设施,同时还能保持样品的完整性。研究人员设计了固定剂的选择和取样流程,可让8名受试者在家里收集微生物样品,然后将其运至实验室进行多种类型的分子分析。尽管采用不同的取样方法,微生物种类、基因和基因转录组成,在所有样品中都是一致的。随后对这些样品进行的分析表明,测量的人类微生物组的功能潜力和功能活性之间存在着有趣的异同点。在这项研究中是目前为止,结合表型分类学、宏基因组学和宏转录组数据谱,进行的个人类微生物组研究。结果详细描述了肠道菌群基因组潜能和基因表达之间的关系,验证了在受试者收集和运输的样品中开展宏转录组研究的可行性。
2、样品需要低温冻存保存剂吗?选择哪一种?