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穿山甲又叫鲮鲤，根据陶弘景著《本草经集注》的记载，穿山甲是一种食蚁动物，它“能陆能水，日中出岸，张开鳞甲如死状，诱蚁入甲，即闭而入水，开甲蚁皆浮出，围接而食之。”穿山甲的生活习性果真是这样吗?为了弄清这个问题，李时珍跟随猎人进入深山老林，进行穿山甲解剖，发现该动物的胃里确实装满了未消化的蚂蚁，证明了本草书的记载是正确的。但李时珍发现穿山甲不是由鳞片诱蚁的，而是“常吐舌诱蚁食之”。他修订了本草书上关于这一点的错误记载。同时他又在民间收集了穿山甲的YY价值，记载了一段“穿山甲、王不留，妇人食了乳长流”的顺口溜。

有人说，北方有一种药物，名叫曼陀罗花，吃了以后会使人手舞足蹈，严重的还会麻醉。李时珍为了寻找曼陀罗花，离开了家乡，来到北方。终于发现了独茎直上高有四五尺，叶像茄子叶，花像牵牛花，早开夜合的曼陀罗花，他又为了掌握曼陀罗花的性能，亲自尝试“乃验也。”并记下了“割疮灸火，宜先服此，则不觉苦也”。据现代药理分析，曼陀罗花含有东莨菪碱，对神经有兴奋大脑和延髓作用，对末梢都有对抗或麻痹副交感神经作用。

李时珍在做曼陀罗花毒性试验时，联想到本草书上关于大豆有解百药毒的记载，也进行了多次试验，证实了单独使用大豆是不可能起作用的，如果再加上一味甘草，就有良好的效果，并说：“如此之事，不可不知”。

李时珍不仅对植物药、动物药进行仔细的调查、观察，对矿物药也做了不少调查工作。他曾到过铜矿、铅矿、石灰窑等地进行调查研究。根据本草书的记载，铅是无毒的物质。李时珍为了了解铅的性能，深入矿区，见到矿工们的艰苦工作条件，写道：“铅生山穴石间，人挟油灯入至数里，随矿脉上下曲折砍取之”通过对矿工们的健康调查，认识到铅是有毒物质，“性带阴毒，不可多服”。同时又掌握了铅中毒会引起中毒性肝炎而出现黄疸症状。“若连月不出，则皮肤萎黄，腹胀不能食，多致疾而死”。

“水银”据以前本草书记载，言无其毒；言其久服；言为长生不老之药。确有其事吗?李时珍通过调查，认识到水银是由丹砂加热后分解出来的（“汞出于丹砂”）；水银和硫磺一起加热，可以变成银朱（硫化汞）；水银加盐等，又可以变成另一种物质，名叫轻粉。由此，他记述水银是一种“温燥有毒”的物质。“若服之过剂”“则毒被蒸窜入经络筋骨”，“变为筋挛骨痛，发为痈肿疳漏，或手足破裂，虫癣顽痹，经年累月，遂成疾癌，其害无穷。”李时珍又根据六朝以来久服水银而造成终身残废的历史事实，驳斥了久服水银可以长生不老的无稽之谈，并写道："方士固不足道，本草其可妄言哉。”

李时珍是一个富有求实精神的医药家；为了完成修改本草书的艰巨任务，他几乎走遍了湖北省、湖南、江西、安徽、江苏等地的名川大山，行程不下万里。同时，他又参阅了800多家书籍，经过3次修改稿，终于在61岁（公元1578年）的那年，编成了《本草纲目》。后来又在他的学生、儿子、孙子的帮助下，使《本草纲目》更加完整，更加精美。《本草纲目》包含着李时珍将近30年的心血，记录着李时珍饱尝苦辛的艰难历程。