小分子药物靶点蛋白筛选（定性）_详细资料

产品信息

服务名称：小分子药物靶点蛋白筛选（定性）提供商：上海普赛生物科技有限公司规格： /项目

小分子药物靶点筛选（SM pull-down）

一、简介：

筛选小分子药物（Small Molecule，SM）的特异性靶点（Protein Target）是药物研发的首要步骤。

利用pull-down技术结合LC-MS为基础的蛋白质组学技术（SM pull-down），高通量鉴定/筛选目的SM与细胞中的蛋白质复合物的相互作用情况（SM-蛋白质互作组），有利于更为系统地了解药物靶标和发现潜在的副作用（脱靶、与别的蛋白质结合）。

小分子药物靶点筛选（SM pull-down）总体包括4个步骤：（1）利用化学标记的方法，对小分子药物进行适当的修饰（如共价修饰上biotin，或者通过Click化学反应对小分子进行修饰）。当然，要设计好修饰方案，减少/避免修饰对小分子药物活性的影响。（2）将修饰了的小分子药物与细胞/组织蛋白质孵育，使其与靶蛋白特异性结合，利用pull-down技术捕获小分子药物-蛋白质复合物。（3）小分子药物-蛋白质复合物进行LC-MS鉴定（LC-MS Identification，LC-MS ID）。（4）数据分析，筛选候选验证蛋白，利用SM pull-down结合western blot验证，确认小分子药物的特异性靶点蛋白。

二、普赛生物SM pull-down总体方案及数据展示：

图注：SM pull-down筛选SM的特异性结合靶点蛋白。（1）先利用化学标记方法，给小分子药物（SM）标记上了biotin（244.3Da），记为B-SM。（2）pull-down实验分为3组。（a）空beads组（beads only），即直接将streptavidin-beads跟细胞蛋白质孵育，捕获的蛋白质都是非特异性的粘附蛋白（non-specific binding proteins）,见SDS-PAGE胶图lane 1。（b）将B-SM与细胞蛋白质孵育，形成B-SM-靶点蛋白复合物，然后加入streptavidin-beads捕获B-SM-靶点蛋白复合物，见lane 2。（3）将SM和B-SM同时加入细胞提取蛋白质中，SM作为竞争性分子（competitor）YZB-SM与靶点蛋白结合，使得通过B-SM捕获的蛋白质与（b）相比明显减少，见lane 3. （3）将lane 2中红色*标记的条带切下进行LC-MS鉴定（LC-MS identification，LC-MS ID），筛选B-SM的特异性结合靶点蛋白。Input：全细胞裂解蛋白。MK：蛋白质marker。

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