上海若谷生物科技有限公司致力于为客户提供专业的生物信息学服务,我们拥有的生物信息工程师和经验丰富的生物统计专家,在新一代测序数据分析、生物统计芯片数据分析及其他组学数据分析领域有着丰富的实践经验。我们可以根据客户需要完成标准化分析,也可根据客户要求进行个性化生物信息学分析,提供高质GX的数据分析服务解决方案。
甲基化芯片分析内容:
- 标准化分析:原始数据处理(标准化/均一化处理)
- 甲基化指数计算
- 甲基化差异分析
- 转录调控分析
- 下游功能分析
- 差异甲基化的筛选:Illumina 450K甲基化芯片,根据不同的情况选择不同的model进行计算:Illumina Custom Model,不受样本个数的限制;Mann-Whitney Model,用于min(Nref,Ncond)<3,或者max(Nref,Ncond)<22;Equal Variance T-Test Model,用于实验或对照组中至少有两个样本。
- 非监督聚类 :为了展示甲基化水平在样本中高低甲基化的分布,用甲基化水平的 值来做聚类图的展示。
- 差异甲基化基因的功能分析 :GO-Analysis对差异甲基化基因等按GO分类,并对分类结果进行基于离散分布的显著性分析、误判率分析、富集度分析,得出与实验目的有显著联系的、低误判率的、靶向性的基因功能分类,该分类即导致样本性状差异的Z重要的功能差别。通过该分析有可能找到导致甲基化水平变化的重要功能,并且找到该功能所对应的基因。
- 差异甲基化基因的pathway分析 :信号通路(Pathway)是多个蛋白质间相互作用,共同调节细胞功能和代谢活动的过程。而信号通路分析是通过对差异基因按照Pathway的主要公共数据库KEGG和Biocarta来进行分类,对Pathway中的基因进行基于离散分布的显著性分析,得到与实验目的有显著联系的Pathway 分类,该分类即导致样本性状差异的Z重要Pathway。
- 转录因子预测分析 :通过对差异甲基化区域转录因子的预测,得到调控甲基化的转录因子。
- 甲基化的染色体分布图:甲基化在各个染色体的分布情况。
- 甲基化芯片与表达谱芯片联合分析 :甲基化芯片除了常规的散点、差异性分析、聚类、GO和Pathway等都可以做之外,在联合分析上可以画cross_plot来展示与mRNA层面的相关性,找到与甲基化负相关的mRNA。
服务流程:客户咨询--项目评估--方案设计--合同签订--分析执行--结果审定--出具报告--项目验收
服务周期:根据服务内容不同确定,也可根据客户要求进行商议确定具体时间限。
扩展服务:
1、提供完整的分析成果演示方案
2、提供进一步科研基金方案设计与撰写服务
3、提供相应的生物信息学学术讲座或者技术培训服务
4、提供后续科研成果发表中所需文稿撰写与投稿支持
5、提供详细分析报告联系方式:高经理(运营经理)
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