广州莱德盟生物在生命科学领域专注于生物医学实验外包服务10+年,协助客户各类实验及论文润色无数,是客户您Z值得信赖的科研合作伙伴!
ChIRP 概述
ChiRP(Chromatin Isolation by RNA Purification )是一种检测与RNA绑定的DNA和蛋白相互作用的方法。该方法是通过设计生物素或链霉亲和素探针,把目标RNA拉下来以后,与其共同作用的DNA染色体片段就会附在到磁珠上,通过qRT-PCR、测序、免疫印迹法和质谱分析等确定目的RNA、DNA和蛋白。
长非编码RNA(lncRNA)是长达两百个核苷酸以上的转录本,绝大多数位于细胞核内。虽然lncRNA没有编码任何蛋白质,但它们在不同组织和发育阶段的表达依然具有特异性,这说明lncRNA具有重要的生物学意义。在测序技术的帮助下,人们已经发现了数千种lncRNA,但这些lncRNA的生物学功能依然还是个谜。众所周知,要了解一个分子的功能,应该去寻找它的搭档。2011年,斯坦福大学的Howard Chang教授开发了ChIRP技术(chromatin isolation by RNA purification),该技术可以在全基因组范围内鉴定RNA与染色质的互作,被不同领域的研究者们广泛采用。
Z近,Chang和同事对ChIRP进行了改造,发布了称为dChIRP(domain-specifi ChIRP)的新技术。据介绍,该技术可以在天然环境下剖析IncRNA不同结构域的功能。相关论文发表在Nature Biotechnology杂志上。
非编码RNA(ncRNA)往往与蛋白质协作,生成复杂的结构,并参与细胞调控。 为了揭示非编码RNA-蛋白质复合体(RNP)的组成和动态,Howard Chang教授Z近在ChIRP的基础上开发了质谱分析技术ChIRP-MS。这是一种RNA导向的蛋白质组学技术(RNA-directed proteomics),能够全面鉴定特定非编码RNA的结合蛋白。这一成果发表在四月二日的Cell杂志上。
ChIRP( comprehensive identification of RNA-binding proteins) ——流程图
①探针设计:设计反义寡核苷酸探针,20nt 左右;
②细胞培养:ChiRP实验需要的细胞数,即2×107;采用的是标准培养基;
③细胞交联及收集细胞质粒;
④交联后DNA的超声破碎;
⑤生物素标记的DNA探针与RNA杂交;
⑥ChIRP;
⑦RNA、DNA及核酸结合蛋白提取,分析实验数据。
----------------------------
常规类:
AAV病毒包装、Westhern-blot、实时定量PCR、WB检测、细胞功能、ELISA、免疫组化、原位杂交、载体构建、慢病毒包装
特色类:
IncRNA功能研究方案、circRNA功能研究方案、microRNA功能研究方案、双萤光报告系统服务、CRISPR/cas9服务、动物实验
其它:
标书制作、博士论文辅助与指导、论文润色