实验技术简介:DNA羟甲基化是一种重要的表观遗传修饰,对基因的表达起调控作 用,在神经分化和癌症中发挥重要的作用。为深入了解5hmC的作用,我们就必须清楚 5hmC在基因组的分布情况。然而,传统的基于Bisulfite的方法无法区分5-hmC和5-mc。5-hmC单克隆抗体捕获法是研究DNA羟基化修饰的利 器,结合高通量测序技术以及生物信息分析,可以获得全基因组羟甲基化分布图,从而能帮助我们从一个新的角度来解析胚胎发育,神经细胞分化以及癌症发生的分 子机制。
实验操作流程:
1、羟甲基化DNA免疫共沉淀(hMeDIP)
2、测序文库构建
3、DNA成簇(Cluster)扩增
4、高通量测序
5、数据分析
6、提供实验报告
实验注意事项:
客户提供:
1、样品量:细胞样品请提供至少5×106个细胞,组织样品请提供至少100mg的组织块或切片。DNA样品请提供2μg以上的基因组DNA。
2、样品质量:DNA无明显降解,OD260/280值在1.7~1.9之间,浓度≥ 50ng/μl。
3、样品保存:细胞样品或新鲜组织块(切成~50mg的小块)用液氮速冻后,-80℃保存。DNA样品可溶于的超纯水或TE(PH8.0)中,-20℃短期保存或者-80℃长期保存。样品保存期间避免反复冻融。
4、样品运输:细胞或组织样品置于1.5 ml管中,封口膜封好,干冰运输。DNA样本放离心管或者PCR板中,密封后,冰袋运输。
5、需要检测的羟甲基化位点信息。
6、目的基因或转录因子的相关背景资料。
交付标准:
1、提供实验报告原始数据报告Fasta-Q格式包含所有测序序列信息碱基
2、读取质量评估基本数据分析报告Excel表格包含有效序列的序列信息、与参考基因组比对后的注释信息等。