Ion PGM System测序仪

基本介绍：
Ion Torrent PGM测序仪，是市场上相较其他测序技术，更简单，更经济和具有强大的可扩展性的测序平台。lon Torrent台式系统的设计配合革新性的半导体芯片技术，是整个平台具有极高的扩展性和快速完成测序的性能。
     Ion Torrent技术通过专有的大规模并行半导体感应器，对于DNA复制时产生的离子流，实现直接和实时的检测。当试剂通过集成的流体通路进入Ion Torrent半导体芯片中，密布于芯片上的反应孔立即成为上百个微反应体系。这种独特的流体体系、微体系机械设计和半导体的技术组合，使我们得以快速直接的将遗传信息翻译成数码的DNA测序结果，得到大量高质量的测序数据。

产品特点:    
1、通量高：318芯片一次测序能出5 M的有效reads
2、 通量灵活：有3种不同通量的芯片可供选择，可根据所要研究的微生物数据量和样本量，灵活安排测序试验，成本和时间上双重平衡研究进度
3、单端读长长：单端读长可达500 bp，满足宏基因组菌群分析和微生物De novo测序的需求
4、快速：1天就可拿到测序结果，是Z快的二代测序平台
5、操作简捷：自动化程度高，手工操作时间非常少
6、准确性高：500 bp测序质量均一、稳定，Hi-Q酶进一步提升测序质量
7、成套方案：针对石油微生物研究中主要用到的应用——宏基因组菌群分析和微生物的De novo测序，有完善的解决方案
8、售后支持：大于20人的售后实验和数据分析支持团队，具备强大的开发能力

产品规格：

Ion PGM™ 系统的性能规格
		Ion 314™ 芯片v2	Ion 316™ 芯片v2	Ion 318™ 芯片v2
产量	200个碱基	30-50 Mb	300-600 Mb	600 Mb – 1 Gb
	400个碱基	60-100 Mb	600 Mb – 1 Gb	1.2-2 Gb
读取		40-55万个	200-300万个	400-550万个
运行时间	200个碱基	2.3小时	3.0小时	4.4小时
	400个碱基	3.7小时	4.9小时	7.3小时
研究领域		癌症研究	干细胞研究	宏基因组学
		遗传病研究	农业	法医学
		微生物学	表观基因组学	古老DNA基因组学
关键应用		定向DNA测序	de novo微生物测序	ChIP测序
		拷贝数分析	细菌分型	甲基化分析
		定向RNA测序	病毒分型	SNP验证
		小RNA测序	宏基因组学	测序法基因分型
目标选择方案		Ion AmpliSeq™技术	Ion TargetSeq™ 技术
文库方案		Ion AmpliSeq™ Library Kit	Ion Total RNA-Seq Kit v2	384个条形码，Torrent Suite™
		Ion Xpress™ Plus Fragment	Ion Library Equalizer™ Kit	软件所支持
		Library Kit
数据分析方案		Torrent Suite™软件处理信号，检出碱基，比对序列，并开展基本变异检出，作为Ion PGM™测序仪的初步分析软件。
		定向DNA测序、定向RNA测序、微生物de novo测序、微生物分型及其他应用的优化数据分析流程已开发，利用第三方软件方案和免费下载的插件。
		Ion Reporter™软件开展可控的变异分析、注释和报告，而应用特异的流程支持单个、家系以及配对的肿瘤正常分析。
		Ion Reporter™ Oncomine®流程再加上Ion AmpliSeq™ DNA panel，让癌症研究人员能够解决区分癌症司机突变和乘客突变的关键挑战。

 

Ion PGM™ 测序仪的规格
工作环境	温度：68–77°F (20–25°C)	间隙：
(室内使用)	湿度：40-60% 非冷凝	后面12 in (30.5 cm)
	海拔：<6500 ft (2,000 m)	左侧4 in (10 cm)
		右侧4 in (10 cm)
		从工作台前缘到测序仪面板4 in (10 cm)
		工作台前方通道36 in (90 cm)，方便操作员操作
		从工作台前缘到锥形管8 in (20.3 cm)
气体供应	连接：0.25一键连接配件	压力：35-45 psi	成分：氩气(4.5级，纯度为99.995%或以上)
其他连接	以太网：1 GigE	USB：2个USB 2.0
电源	电压：100V (min) - 240 V (max)	频率：50/60 Hz
	电流：9A (max)	功率：200-300 W
尺寸	宽度：24 in/61 cm	深度：20 in/51 cm	高度：21 in/53 cm
重量	运输箱：85 lb/39 kg	独立：65 lb/30 kg

 

PGM™ Torrent服务器的规格
产品配置	单个独立的塔式计算机设备，包含在Ion PGM™ 系统内。
	包括Torrent Suite™ 软件及所有必要的软件组件，带来信号处理、碱基检出、读取比对和变异检出。
处理器	两个6核2.66 GHz CPU
内存	48 GB RAM
GPU处理器	1x NVIDIA® Tesla® GPUs
存储（约）	16 TB
操作系统	Ubuntu® 10.04
尺寸	宽度：8.5 in/21.6 cm	深度：22.3 in/56.6 cm	高度：22.3 in/56.6 cm
重量	100 lb/45 kg
电源	电压：100V (min) - 240 V (max)	频率：50/60 Hz
	电流：6.7A (max)	功率：1,100 W
数据格式	行业标准的FASTQ、SFF、BAM和VCF格式输出

 
工作流程：
 
应用方向：
1.发现与鉴定
2.宏基因组学
3.细菌分型
4.病毒分型