Access Array高通量靶标区段重测序捕获系统

 

不论你采用哪种测序仪进行目标测序都需要制备测序文库，这种文库中的分子需要在目标区段的两端接上用来克隆扩增或测序的接头序列。由于PCR的特异性和灵敏性的特点，它被用在各种用来生成扩增子（amplicon）文库的方法中。所有这些方法制备扩增文库都很容易遇到一个瓶颈，这是因为传统的方法制备文库对样品及引物对的数目增加有很大限制。捕获芯片可以完成用其他方法无法想象的样品量的目标序列重测序。

 

 

捕获芯片系统由于使用模块设计和简单工作流程，所以具有很高的可放大性。一个捕获芯片制备的测序文库可以很理想的在不同的桌面型的小型二代测序仪上进行一次完整实验，而多个芯片制备的文库可以集成到一起来满足ZD型的二代测序仪的通量。

 

 

捕获芯片系统可以进行ZG质量的高通量目标重测序同时还能减少实验材料：

 

每个样品只需要50纳克的基因组DNA，而石蜡包埋的组织样品也有专门的操作流程。

样品和引物在芯片上自动混合，减少了移液步骤和手工操作，避免移液错误。

PCR反应体积是有微流体芯片的设计结构统一控制，保证PCR反应之间及不同实验之间的高度一致性。

捕获芯片的条形码文库包含测序系统所需的特定接头序列，提供384个独特的10碱基条形码。

引物和PCR条件具有减少引物二聚体的设计并保证不同PCR扩增子之间的均一性。

 

在扩增子标记的实验流程中，设计的引物保证每个PCR产物带有样品特异的条形码序列和测序平台特定的标签序列。条形码序列使多达384个样品可以合并到一起在一个多重测序反应中一起测序。

 

Fluidigm用于Illumina测序平台的4-引物标记实验流程显示如右图。如果需要在其他第二代测序平台上使用这个实验流程，只需简单地将Illumina特定的接头序列换成你所用的测序平台相匹配的接头序列即可。其他测序平台所用的条形码可以加到产物两头的接头序列上。

 

 

尽管Fluidigm公司的捕获芯片可以用于几乎所有基于PCR的样品富集方法，但最理想的还是用Fluidigm的4-引物扩增子标记流程和试剂来制备可用于所有第二代测序平台的扩增子文库。在4-引物扩增子的标记中，在目标序列特定的引物的5撇端加上的引物标签序列和测序接头序列是通用的，这样用户只需设计和验证目标特异引物而不需要考虑测序平台的种类及检测样品所需的多重程度。条形码序列寡核苷酸都带有通用序列接头，是4-引物扩增子标记流程的通用试剂，它们可以和任何目标基因特异的引物一起使用，这样就大大减少了进行多个目标重测序实验所需的独特寡核苷酸的数量。

 

捕获芯片提供高质量的数据，使得多个目标和多个样品之间的序列在测序文库中据有很好的均一性，这样才能达到二代测序的使用ZD化。下图中显示了从48个基因组DNA样品中用48对不同的序列特异的引物对在捕获芯片上产生的2304个扩增子的数量分布情况。大于95%的扩增子的数量平均都在2倍范围内。测序文库中的产生的扩增子越均一，所获得的测序读数在所有样品中的分布就越平均，而测序花费的时间和经费才会越少。

 

每个样品可富集的序列数量可以利用多重PCR来放大。一个样品利用单重PCR可以富集48对引物扩增的序列，如果利用10重PCR这可以增加到富集480对引物扩增的序列。为捕获芯片而开发的独特的实验流程和集合微流体芯片可以防止10重PCR可能带来的序列均一性在数据质量上的损失。

 

 

捕获芯片的目标特异引物可以让您充分利用捕获芯片系统，使用最少的实验准备时间但获得有力的结果。捕获芯片提供快速、简单、便宜的方法制备直接可以测序的文库，帮助您达到您的第二代测序的目标。

 

不像其他预先模块化的捕获技术，捕获芯片目标特异引物是根据您的要求特别设计的。使用捕获芯片，这些引物可以制备48个不同样品的高达480个不同的扩增子。您只需要提供您感兴趣的人类基因组的区段，我们将设计引物系列用来扩增标记测序用的PCR产物。我们提供：

 

96孔板装有集成的正向和反向引物

电子表格提供扩增子及引物序列

连接加州大学圣克鲁斯分校（UCSC）基因组浏览器，显示图像定位的扩增子位置

提供电子版实验流程

 

 

捕获微流体集成芯片是一种Fluidigm公司的微流体集成芯片专利产品，它可以让研究人员进行纳米体积的高通量PCR。每一个微流体反应腔可以容纳多达10种不同的扩增子，使得一个单独PCR试验可以在48个样品富集多达480个扩增子。