GeneRead rRNA Depletion Kit (6)

性能

NGS研究很大程度上取决于从复杂且有限的起始材料中获得高品质测序数据。QIAGEN凭借在样本制备技术方便的领先技术，为您奉上专门用于二代测序工作流程的产品线，包括创新的样本核酸富集解决方案和核糖体RNA（rRNA）去除产品。GeneRead rRNA Depletion Kit将总RNA中的rRNA去除，因此能够从复杂样本中获得清晰的NGS结果。 

GX去除所有类型的rRNA

GeneRead rRNA Depletion KitGX去除所有类型的rRNA，包括4种主要的核糖体RNA和线粒体rRNA。QIAxcel数据显示，大鼠总RNA中的18S和28S核糖体RNA被完全去除（参见Highly efficient rRNA removal）。通过定量RT-PCR分析去除rRNA的样本，结果显示超过99.9%的各类型核糖体RNA被该试剂盒GX去除。

高度特异性的rRNA去除  

去除样本中的rRNA后，RNA测序结果显示，相比其他供应商的rRNA去除试剂盒，GeneRead rRNA Depletion KitGX去除了rRNA，同时保留了更多的miRNA和非编码RNA（参见More effective and specific rRNA depletion）。使用供应商E和供应商I的试剂盒对RNA进行rRNA去除，其生物型分布显示，rRNA去除显著少于QIAGEN试剂盒，且供应商E的试剂盒富集了scRNA（例如7SL和Alu RNA）。与富集蛋白编码RNA的poly A纯化结果相似，GeneRead rRNA Depletion Kit处理的样本含有多种类型的RNA，例如miRNA和其他非编码RNA。

无人工去除蛋白编码基因 

GeneRead rRNA Depletion KitGX去除rRNA，但不影响其他类型的RNA含量。其他供应商的同类试剂盒可能会影响蛋白编码（poly A）RNA的含量，尤其是非特异性去除非核糖体RNA。相反，GeneRead rRNA Depletion Kit处理结果与poly A纯化结果相一致，保留了其他类型RNA和蛋白编码基因的自然含量（参见The GeneRead rRNA Depletion Kit ensures greater conservation of the mRNA profile和Specific rRNA depletion for better representation of protein coding genes）。

原理

在总RNA中，核糖体RNA的丰度ZG，占到总RNA量的80%以上。RNA测序等应用需要ZD限度的利用一次测序反应获得最多的有用数据。核糖体RNA所含的转录组信息很少，会浪费宝贵的测序资源。GeneRead rRNA Depletion KitGX去除核糖体RNA，同时确保mRNA和非编码RNA的完全回收，适用于多种物种样本（参见GeneRead combines two steps of specificity:DNA/RNA sequence specificity and antibody binding）。与poly A纯化相比，去除rRNA能够保留非腺苷化RNA、非编码RNA和调节RNA，可实现对RNA调节、新生转录、RNA编辑等的研究，增进我们对转录组复杂性的理解。该试剂盒能够提高有用数据的比例，保留非编码RNA，因此能够获得适合二代测序的高品质RNA。

操作流程

GeneRead rRNA Depletion Kit采用GX的特异性杂交方法，选择性去除rRNA（参见GeneRead combines two steps of specificity:DNA/RNA sequence specificity and antibody binding）。该方法基于寡核苷酸探针特异性杂交，这些探针经过设计，专门杂交大（18s、28s）、小（5s、5.8s）rRNA和线粒体（12s、16s）rRNA。抗体识别RNA:DNA杂交体，生成的抗体-杂交体复合物可被蛋白G微珠GX捕获。之后将这些微珠从样本中分离出来，即GX去除了rRNA（参见GeneRead rRNA Depletion Kit procedure）。去除了rRNA的样本保留了多种类型的RNA，包括poly A mRNA、非腺苷化mRNA、非编码RNA和调节RNA。 

与亲和标记法不同，只有已杂交的探针才能被抗体识别，被微珠捕获。因此反应十分GX、快速。剩余的探针可在RNeasy MinElute Cleanup Kit进行的RNA回收步骤去除。整个实验的多数步骤，包括杂交、捕获、RNA回收，都可在QIAcube全自动核酸纯化仪上自动进行。

应用

使用GeneRead rRNA Depletion Kit制备的RNA适用于多种下游应用，包括： 

• 二代测序
• 定量real-time PCR
• 微阵列分析