
实验技术简介:基因组de novo测序即基因组从头测序,是指对基因组序列未知或没有近缘物种基因组的某个物种的全基因组序列的测序。然后利用生物信息学手段对测序序列进行拼接、组装和注释,从而获得该物种完整的基因组序列图谱。
基因组组装结果的优劣需要从单碱基错误率、Contig N50、Scaffold N50等多项指标评价。目前已经有的组装软件都各有千秋。百迈客针对客户的需要,自主开发GNOVO组装套件,保证基因组组装完整性和精确度。
实验操作流程:
1、基因组DNA
2、文库构建
3、测序
4、数据分析
实验注意事项:
客户提供:
1、样品量:细胞样品请提供至少5×106个细胞,组织样品请提供至少100mg的组织块或切片。DNA样品请提供2μg以上的基因组DNA。
2、DNA样品:浓度≥200ng/ul,总量≥500ug.OD值在1.8-2.0之间,样品浓度越高越好。
样品质量:DNA无明显降解,OD260/280值在1.7~1.9之间,浓度≥ 50ng/μl。
3、样品保存:细胞样品或新鲜组织块(切成~50mg的小块)用液氮速冻后,-80℃保存。DNA样品可溶于的超纯水或TE(PH8.0)中,-20℃短期保存或者-80℃长期保存。样品保存期间避免反复冻融。
4、样品运输:细胞或组织样品置于1.5 ml管中,封口膜封好,干冰运输。DNA样本放离心管或者PCR板中,密封后,冰袋运输。
5、目的基因或转录因子的相关背景资料。
交付标准:
完整项目报告(材料、试剂、仪器、方法、数据分析、实验结果)
其他:
1、植物样品:需为黑暗无菌条件下培养的黄化苗或组培样品,为纯合或单倍体。
2、动物样品:应挑选肌肉,血等脂肪含量较少的组织进行取样。为了减少个体差异对后续拼接产生的影响,应尽量从同一个体中取样,若物种体积较小,从一个个体提取的DNA量不够进行一次测序反应,在保证量的情况下,应尽量减少个体的个数。测序样品为纯合体。
Tel:010-57425721/57425722 Fax:010-80780672
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资料下载:
嘉美实验外包服务项目总览.pdf
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