circRNA 环状RNA测序_详细资料

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提供商：上海惠研生物服务名称： circRNA 环状RNA测序

环状RNA（circRNA）
一类特殊的非编码RNA分子，也是RNA领域ZX的研究热点。与传统的线性RNA（linear RNA，含5’和3’末端）不同，circRNA分子呈封闭环状结构，不受RNA外切酶影响，表达更稳定，不易降解。大量存在于真核细胞的细胞质中; 其通过“外显子反向剪接成环（back splice circularization）”形成，定位于细胞浆中，可以调控microRNA的功能。

circRNA产生
•机制2013年北卡罗来纳大学医学院的Jeck WR等提出了circRNA发生的两种模型: 套索驱动的环化(lariat-driven circularization)和内含子配对驱动的环化(intron-pairing-driven circularization)。它们生成的DY步是不同的: 套索驱动的环化由外显子组成的剪接供体(splice donor)和剪接受体(splice acceptor)共价结合, 而内含子配对驱动的环化则由2 个内含子互补配对结合, 从而形成环状结构。在接下来的步骤中, 这两种模型的过程基本一致, 即:剪接体(splicesome)切除剩余内含子和形成circRNA。

circRNA Biogenesis
•Xiao-Ou Zhang 研究人员利用全基因组分析方法证实是外显子环化依赖于两侧的内含子互补序列。这样的序列和分布显示快速的进化改变，表明外显子环化在进化上呈动态。研究人员发现侧翼内含子之间及个别内含子内部的RNA配对之间的竞争可以影响外显子环化效率。选择性RNA配对和它们之间的竞争导致了选择性的环化，使得一个基因可以生成多种circRNA转录物。

•这些结果支持了内含子配对驱动环化这一假说，证实是内含子的互补序列介导了外显子环化，生成的选择性环化产物有可能进一步扩大了哺乳动物转录后调控的复杂性。

Xiao-Ou Zhang, Hai-Bin Wang, Yang Zhang, Xuhua Lu, Ling-Ling Chen, Li Yang. Complementary Sequence-Mediated Exon Circularization. Cell, September 18, 2014; DOI: 10.1016/j.cell.2014.09.001

circRNA Biogenesis-exonic circRNAs.

circRNA Biogenesis Splicing products and methods for detection

Sequencing-based method pipeline circRNA-Seq 实验步骤

circRNA-Seq 分析步骤:Exon-intron circular RNAs 类型

Exons-exons circRNA类型（模式图举例）

intronic-intergenic circRNA类型（模式图举例）

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