Argus基因组光学图谱工作站

生物全基因组光学图谱分析系统
基因组光学图谱是来源于单个DNA分子有序的全基因组限制性内切酶酶切位点图谱

竖线代表限制性内切酶的识别位点，竖线间的距离代表限制性内切酶酶切片段的大小
Argus基因组光学图谱工作站概述
Argus基因组光学图谱工作站是一个全新的卡盘式自动化工作平台，依靠OpGen独有的基因组光学图谱技术，Argus基因组光学图谱工作站能利用单个微生物的DNA分子绘制出高分辨率、有序的全基因组限制性内切酶酶切位点图谱。在不需扩增、PCR、构建克隆或末端配对文库、纯化分离物或特异性基因组纯化试剂等前提下，研究人员就可以对微生物的结构、功能、多样性和遗传学进行研究。一个工作日内就可以获得初步的基因组光学图谱。在强大的MapSolver光学图谱分析软件的辅助下，研究人员可以直观的分析基因组光学图谱，快速地揭示基因组间的相似性和差异性、了解基因组结构和菌株间的亲缘关系。如果有测序的数据，研究人员可以将重叠群数据上传到在线的数据库，以基因组光学图谱为参照快速对重叠群进行排序。它能帮助研究人员完成高分辨率的比较基因组学、全基因组序列的拼接和菌株鉴定等研究工作。流行病学食品安全 菌种质量监控 食品微生物学 基因组序列拼接 制药和生物技术

Argus光学图谱系统包含（Cat No: 11000-100）：
光学扫描系统 油喷头 图谱数据处理工作站 MapCard加工工作站 设备的一年保修、安装和培训 MapSolver软件
为了达到的灵活应用，可以将多个MapCard加工工作站（Cat No: 11100-001）通过网络连接到Argus基因组光学扫描系统和数据处理工作站。
系统功能

整合的工作站	可进行实验室内外的通讯交流
基于卡片形式的分析	样品的处理和加工在同一个MapCard上进行
试剂盒形式的耗材	质量优化的试剂盒让光学图谱制作更简便
DNA质量检测	大分子量的DNA利用QCard进行质量检测
样品类型的多样性	多种类型的微生物和微生物混合物都可进行分析
简化的工作流程	自动的MapCard加工，图像获取和基因组光学图谱的拼接组装
库	客户可以为自己的研究课题建立数据库
文件的输入和转换	可以将公共或私人的数据库序列信息转换成计算机模拟的基因组光学图谱进行相应的分析
分析软件	MapSolver软件分析工具 基因组光学图谱可直观的显示、比对和进行亲缘关系分析 显示微生物全基因组特点 显示有序高密度信息数据：发现插入和缺失、重复和反转 可对序列重叠群进行排序和比对   可对序列拼接的准确性进行验证
数据分析	优化的生物信息学工具——无需专业知识
文件格式	可兼容.xml和.fasta文件, 图像和数据可以输出至剪贴板或者存储成.csv形式的文件用于将来的分析
多种应用	比较基因组学，全基因组序列的拼接，菌株分型，亲缘                     关系的分析
获得光学图谱所需时间	初步的基因组光学图谱可以在一个工作日内获得

系统工作流程（单个样品）

样品制备（3小时内）	1，从微生物细胞中抽提大分子量的DNA 2，利用QCard对得到的DNA进行分子大小和质量检测
程序设定	1，在Argus系统管理软件中设定实验名称和参数  2，选择Z适合于实验的限制性内切酶
MapCard样品准备和加工	1，准备MapCard，加入DNA样品 2，将MapCard放入MapCard加工仪中并加入酶切反应溶液                          3，当反应结束后取出MapCard
数据和图像的获取	1，将MapCard放入Argus光学扫描系统中 2，设置成像通道,进行图像获取 3，每个MapCard可以获得多个百万个碱基的DNA分子图像
基因组光学图谱的拼接	1，获取单个DNA分子限制性内切酶酶切位点图谱 2，制作有序的单个DNA分子限制性内切酶酶切位点图谱 3，构建全基因组光学图谱和输出实验结果数据
MapSolver数据分析	1，显示有序的全基因组光学图谱 2，鉴别基因组功能元件，注释基因组结构特点， 3，显示计算机模拟光学图谱的序列信息 4，基因组光学图谱间的比对以及基因组光学图谱和计算机 5，模拟的基因组光学图谱的比对 6，辅助序列重叠群的拼接和比对 7，在计算机上保存实验数据或输出数据用于将来的进一步分析

基因组光学图谱的应用
比较基因组学显示和比对基因组光学图谱找出基因组间的相似、差异、插入、缺失、重复、反转、噬菌体插入元件和其他发现。

基因组测序结果的拼接
利用基因组光学图谱对基因组测序的重叠群进行快速排序
多颜色区域（重叠群16）显示4个重叠群的错误拼接

菌株分型
进化树分析区分亲缘关系相近的株系

耗材
Argus™ MapCard  Cat No: 12000-009
可组装9张 MapCards检测9个样品

Argus™基因组DNA质量检测卡 Cat No: 13000-006
可组装6张QCards检测18个次样品

Argus™ 基因组DNA制备试剂盒 Cat No: 14300-010
可加工10微生物样品
注: 要与 Agencourt® Genfind™ v2 DNA抽提试剂盒Agencourt®A41499联用

Argus™ 染色试剂盒 Cat No: 14400-001
可进行9 张MapCard和6张QCard的染色
Argus™ 酶切试剂盒
可进行10张MapCard的酶切加工
Argus™ Enzyme Kit-AflII Cat No: 14216-010
Argus™ Enzyme Kit-BamHI Cat No: 14212-010
Argus™ Enzyme Kit-NcoI Cat No: 14213-010
Argus™ Enzyme Kit-NheI Cat No: 14215-010