RSAM-17 转录组进化分析：基于转录组序列的进化分析

RSAM-17 转录组进化分析：基于转录组序列的进化分析 

对转录组进化可以进行综合系统生物学分析。主要可从序列分析方式与基因表达量证据两者分别进行分析。（1）序列分析可以从（a）多物种转录组整体性同源基因层面分析进化速率，进而分析正向选择或负向选择趋势的基因；（b）序列分析也可以从可变剪切角度分析转录组进化的证据；另外，基因表达量是转录组的重要证据，进化分析可从转录组表达谱计算表达量距离进而判断进化距离。

本方案采用直系同源基因分析技术获得物种间存在的Ortholog基因对/簇（pairs/cluster），并采用多重序列比对分析技术分析物种间Ortholog基因对/簇序列的全局转录组进化距离，并构建进化树。方法可分别采用NJ临近和似然法构建系统发生树。另外，本方案对于进化选择性进行分析。依据同源基因簇内的非同义替换（Ka）与同义替换（Ks）比率采用似然法计算替换率，并判断正向进化基因。当Ka ⁄ Ks > 1，转录本趋向于正向选择。，分析定位的正向选择基因的功能富集程度。

 

 

更多详情：http://www.biogenius.cn/htm/products/transcriptome/rnaseq/analysis/318.html

 

 

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