App NGS 表观组测序 MeDIP-Seq甲基化测序

Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing（MeDIP-Seq）通过使用5’-甲基胞嘧啶抗体富集高甲基化的DNA片段，将基因组中的DNA甲基化区域富集后进行高通量测序。以较小的数据量，快速、GX地寻找基因组上的甲基化区域，从而比较不同细胞、组织、样本间的DNA甲基化修饰模式的差异，可广泛用于大样本量的疾病研究和分子育种研究。
 

检测范围广：覆盖整个基因组范围的甲基化区域；

高性价比：基于抗体富集的测序方法，提高数据利用率；

精确度：非单碱基甲基化分辨率，只能定位甲基化富集区域；

偏好性：抗体富集偏向高甲基化CpG区域。

 

一、标准信息分析
 

1.数据产出统计：对测序结果进行图像识别、去污染、去接头，统计结果包括read长度、read数据、数据产量；

2. MeDIP测序序列与参考基因组序列的比对；

3. MeDIP测序数据的全基因组分布趋势；

4.统计MeDIP测序数据富集区域( Peak )的信息；

5.基于peak的全基因组甲基化差异分析。

二、高级信息分析
 

1. MeDIP与小RNA的联合分析；

2. MeDIP与mRNA表达数据的联合分析；

3. MeDIP、小RNA和mRNA表达数据的联合分析。

三、定制化信息分析
 

可结合客户的需求，协商确定定制化信息分析服务内容。

一、样本要求

总量：≥ 3 μg DNA（常规样本），≥ 5 μg DNA（FFPE或降解DNA样本）；

纯度：OD260/280 = 1.8-2.0；

样品完整性：DNA无明显降解与蛋白污染，需提供凝胶电泳检测胶图；

适用物种：人和小鼠

二、测序策略： 50 PE。

三、推荐数据量：3G或5G clean data。

四、项目执行周期

单个样品标准流程（上图）的运转周期约为45个工作日。遇样品数较多时，项目周期根据项目规模而定。

五、合格指标

产生不低于合同规定的clean data。

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