small RNA 测序
small RNA(包括 miRNAs、siRNAs 和 piRNAs 等)是生命活动重要的调控因子,在基因表达调控、生物个体发育、代谢紊乱及疾病发生和发展等生理过程中发挥重要作用。miRNA 是一类内源性的、长度约 18-25 nt、具有调控功能的非编码 RNA,通过和靶基因碱基配对引导沉默复合体降解 mRNA 或阻碍其翻译。Small RNA 测序技术不受物种限制,既能鉴定特定条件下表达的 miRNA,又能预测发现新的 miRNA,对于疾病的发SF展研究有重要意义。欧易特色
高度灵活性
可研究任一 17-35 nt 之间的小 RNA 分子
高度准确性
可准确到单核苷酸水平,有利于区分高度同源的小 RNA 分子和鉴定小 RNA 的多态性
检测动力学范围广
可在超过 6 个数量级范围内实现准确的序列检测和定量分析,有利于低丰度小 RNA 差异表达的研究
数据质量高
深度测序保证了抽样随机性、可靠性和重复性,与实时定量 PCR 结果具有较高的一致性
推荐测序模式
● Hiseq X Ten, PE150 ● 10 M 或 20 M clean reads/样本
常见问题
1. small RNA 测序后进行 RT-PCR 验证时,常会出现非特异性扩增,如何解决?
因为 miRNA 序列比较短,彼此间相似度又非常高,尤其是同一家族的 miRNAs,彼此间可能只有 1 个碱基差异,出现非特异性扩增是很正常的,建议使用 Taqman 探针法进行尝试。
2. 没有参考基因组可否进行 small RNA 测序?
进行生物信息分析时,针对有参考基因组样本,以该物种的基因组以及该物种的 miRBase 数据库为参照进行数据分析;如果没有参考基因组,可以近缘物种的基因组以及近缘物种的 miRBase 数据库为参考,或者动物样本以所有动物的 miRBase 数据库、植物样本以所以植物的 miRBase 数据库为参照进行比对分析。
3. small RNA 测序对样本有什么特殊要求?
为防止 small RNA 丢失,浪费样本、时间和精力,抽提 total RNA 时请使用 miRNA Homogenate Additive。如果同一份样本同时检测 mRNA/lncRNA 和 small RNA,请事先告知该区域负责的销售工程师,请公司抽提人员注意保留 small RNA。