染色质免疫共沉淀测序(ChIP seq)
染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)是研究蛋白质与DNA之间相互作用的强有力工具,ChIP技术在研究同染色质相关蛋白质,如组蛋白和它的异构体、定DNA结构域上转录因子等许多相关领域中被广泛应用。将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术,能够GX地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。
ChIP-seq的主要应用包括: a、识别DNA序列上转录因子结合位点(Binding sites),如启动子、增强子等各种顺式作用元件(Cis-acting element)的识别;
b,应用在表观遗传学领域,包括研究基因组DNA甲基化、组蛋白修饰和核小体定位等问题。 瑞科基因服务内容: 针对性项目方案设计;
样品检测、ChIP文库构建、测序;
标准/个性化生物信息分析。 ChIP-Seq测序数据主要分析内容: 1、测序数据基础分析与评估;
2、chip捕获区分析;
3、chip基因功能分析;
4、其他定制分析(定制化)。 ChIP 实验流程: 在活细胞状态下把细胞内的蛋白质和DNA交联,并用超声波将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段(Z好是200-1000bp),然后利用染色质免疫互沉淀的方法,使用目的蛋白质的特异性抗体免疫沉淀特定的蛋白-DNA复合体,从而特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,再通过解交联纯化回收富集的DNA(ChIP enriched DNA)。 影响ChIP-Seq的结果的主要因素: 抗体的质量与特异性、需要富集的目标区域在基因组上的比例、ChIP的实验操作、DNA片段长度范围。 常用测序策略: Hiseq 2000,测序技术SE 1 × 36-50 ,数据量: ≥ 1G 。
数据量的选择从理论上来说,决定于目的蛋白在全基因组上结合位点所占的比例。
资料下载:
This protocol explains how to prepare libraries of chromatin-immunoprecipitated DNA for analysis on the Illumina sequencing platform
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