LC-MSMS混合蛋白鉴定技术服务

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简介

        液相色谱（LC）根据不同蛋白（肽段）在流动相和固定相之间分配系数的差异而进行分离，液相色谱特别是多维液相色谱（MDLC）与串联质谱联用技术是蛋白质组分离分析的重要工具之一。LC-MSMS技术可以实现对混合蛋白的分离鉴定，在此基础上，通过分离后一级质谱峰信号的强度可以实现对肽段和蛋白表达量的定量，快速找到不同样品间的蛋白质组表达差异，实现蛋白质组的非标记定量比较。





鹿明生物采用LCMSMS技术进行蛋白胶点、胶条鉴定，并对胶内酶解法进行系列优化，通过与数据库的检索，推断得到与之可能性的匹配蛋白。


 

适用于各种复杂度蛋白质样品的分离鉴定分析，一次可以获得几十、几百甚至几千个蛋白质的信息。
 

1．可以对气体、液体、固体等进行分析，分析的范围比较广；

2. 可以测定化合物的分子量，推测分子式、结构式，用途广；

3. 分析速度快，灵敏度高，样品用量小，只需要1mg左右，有时只需要几个微
克就可以了。


 

送样要求：蛋白干粉，胶条封存于ep管内，4℃（冰袋）运输；溶液样本干冰运送

胶条鉴定时间：约10个工作日左右（具体时间以合同为准）

溶液鉴定时间：约15个工作日左右（具体时间以合同为准）

 

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2019年3月8日，济南大学、中科院植物所与清华大学合作在Nature Plants发表了题为 Structure of a green algal photosystem I in complex with a large number of light-harvesting complex I subunits 的研究长文，报道了一种潮间带大型绿藻（假根羽藻，Bryopsis Corticulans）PSI-LHCI 超分子复合物的3.49Å 分辨率的冷冻电镜结构，这是继高等植物之后，在 PSI 结构与功能研究领域取得的又一重大突破。


 

这一研究工作填补了到目前为止未被报道的绿藻 PSI-LHCI 较高分辨率结构的空白，进一步完善了对光合生物进化过程中 PSI 结构变化趋势的理解；从进化与光环境适应的角度揭示了捕光天线复合物的捕光设计机理；为揭示绿藻光合膜蛋白 PSI-LHCI GX吸能与传能的机理奠定了坚实的结构基础；为人工模拟光合作用机理，为指导设计作物与提高植物的光能利用效率提供了新的理论依据和新思路。

济南大学秦晓春教授、清华大学生命科学学院五年级博士生皮雄为该论文的共同作者，ZG科学院植物研究所匡廷云院士、清华大学隋森芳院士为该论文的共同通讯作者。本项目得到了ZG科技部ZD研发计划、清华大学膜生物学国家ZD实验室开放项目、北京市结构生物学高精尖创新ZX（清华），国家自然科学基金委优青项目、济南大学高层次人才计划、山东省青年泰山学者计划的支持。国家蛋白质科学ZX（北京）清华大学冷冻电镜平台和清华大学高性能计算平台分别为该研究的数据收集和数据处理提供了支持。质谱测序由上海鹿明生物科技有限公司协助完成。







 

 1、如何来判定哪些蛋白是和自己研究相关的蛋白，挑选什么样的蛋白来进行后期的验证实验？
需要研究人员根据自己研究的相关生物学背景，再结合生物信息学分析的结果，以及查看相关的文献资料来确认哪些蛋白可以用于后续深入的研究。
后期的蛋白验证实验，一般情况下是根据客户的需要，结合课题本身，在所筛选到的差异的蛋白中，找到自己关注的蛋白。并且在挑选的时候尽量挑蛋白可信度高的、差异变化较明显的蛋白。
2、做蛋白鉴定时，检索时为什么同一个编号对应了很多蛋白质？

因为一个蛋白家族中常常含有多个同源性很高的蛋白质，这些蛋白质被酶切之后，很可能会产生很多相同的肽段，软件在进行定性分析时，就会将这些肽段均归于得分的那种蛋白质，其他同源蛋白不计分，并且这些同源蛋白都采用同一编号。

3、蛋白质谱鉴定不成功一般有哪些因素? 

质谱鉴定不成功主要可以分为两类，一类是质谱效果不好，一类是没有可参考的蛋白数据库，质谱效果不好的原因又可以细分为蛋白点太淡以至于蛋白含量过低（常见银染的点）、蛋白酶解及质谱操作失误等，要避免这些因素需要尽量取颜色深一些的蛋白点，并且取的蛋白点面积需要适当大一些，对于某些很小但很清晰的蛋白点，取点的时候可适当选择孔径大一些的枪头，把边上空白处适当取到一些也不要紧，避免取点混入其他的蛋白点。其次，由于没有合适的数据库导致的鉴定效果较差，可以通过更换范围更大的数据库、近缘物种数据库、采用相关研究物种的蛋白、EST数据库等构建本地数据库的方式进行解决。