iTRAQ实际上是一种同位素标记试剂，包括一个带电荷的报告基团（reporter group），另外还有一个肽段反应基团（peptide reactive group）和一个平衡基团（blance group）。其中，报告基团分为4种和8种分子量，4种的分别为114，115，116，117；8种的分别为113，114，115，116，117，118，119，121。平衡基团的作用是平衡分子量，以保证蛋白多肽与每一种报告基因结合后iTRAQ试剂总的相对分子量都是145，肽段反应基团可以同肽段的N末端和赖氨酸测量E氨基基团发生反应，这样可以标记生物样品中产生的所有肽段，增强任一给定蛋白的肽段覆盖度，同时保留了诸如一些蛋白的翻译后修饰的重要结构信息。
TMT (Tandem Mass Tags，同质异序标签)，是由Thermo公司研发的多肽体外标记定量技术。TMT标签是多个不同形式且带有相同分子量的标签，这些标签可以通过活性基团，标记到肽段分子上。TMT试剂根据反应基团分为氨基反应性、巯基反应性、羰基反应性试剂，同时试剂标记通量分为2标、6标和10标，可同时对Z多10种不同样品中蛋白质进行定性和定量分析。
