提供商:
上海嘉因生物科技有限公司
服务名称:
chip-seq实验及分析
一、产品概括1.ChIP-seq科研服务 1.1 什么是ChIP-seq ChIP-seq技术结合染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)与高通量测序,是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。 1.2 产品功能 ChIP-seq技术是将ChIP与高通量二代测序结合,从基因组范围内检测组蛋白、转录因子等蛋白质结合的DNA区段。研究转录因子及其他与染色质相关的蛋白如何影响表观调控,检测在一些生物过程与疾病中,DNA与蛋白质相互作用调控基因表达的重要性。结合生物信息学分析,能够找到转录因子下游调控的靶基因,为进一步阐明生物学机制提供依据。 1.3 技术优势 1、全基因组覆盖:ChIP-Seq可在全基因组范围单碱基水平对蛋白结合位点进行筛选与鉴定。 2、高灵敏度:每个样本可获得数百万条的序列标签,可发现研究基因组上稀有的蛋白结合位点。 3、高精确率:可获得高水平的信噪比数据,准确区分真实事件与噪音,精确定位蛋白结合位点。 1.4 实验简介 1.4.1实验原理 首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。 1.4.2应用: (1)判断DNA链的某一特定位置会出现何种组蛋白修饰;
(2)检测RNA polymerase II及其它反式因子在基因组上结合位点的精确定位;
(3)研究组蛋白共价修饰与基因表达的关系;
(4)CTCF转录因子研究。2.嘉因生物参与完成的典型案例 2.1 转录因子的ChIP-seq案例 EglN2 associates with the NRF1‐PGC1α complex and controls mitochondrial function in breast cancer. (EMBO J, 2016) EglN2/PHD1是一个对乳腺癌发生有重要作用的氧感知器(oxygen sensor)。越来越多的研究表明在氧感知(oxygen sensing)和线粒体作用上两者有功能上配合(cross talk),并且两者在维持肿瘤生长上都有很关键的作用。这篇文章向我们展示了EglN2敲除会降低在常氧和缺氧状态下乳腺癌中线粒体的呼吸。进一步整合分析RNA-seq及EglN2在缺氧状态下ChIP-seq数据 我们发现:NRF1在EglN2激活的基因上有motif 富集,这暗示了NRF1可能是EglN2的共结合因子(binding partner)。进一步,我们通过ChIP-seq数据验证了 EgLN2和NRF1的相互结合。机制上,通过在染色质上形成EglN2/PGC1alpha/NRF1激活复合体,EglN2激活了FDXR的转录并保持了线粒体的功能。进一步,FDXR作为EglN2的一个下游靶基因(effector),导致了乳腺癌的发生in vitro/ in vivo. 作者的发现暗示了EglN2调控了ERalpha阳性乳腺癌中线粒体的功能。