NextSeq 500系统集高通量测序的性能和台式测序仪的简约为一体，是目前WY一款可实现外显子组、转录组和全基因组测序的台式测序仪。它可在两种模式下开展测序实验：高产量（High Output）和中等产量（Medium Output），在单次运行中可获得20-120 Gb的数据，为您带来广泛的应用灵活性。
与MiSeq一样，NextSeq 500的整个流程也非常简单。制备好的文库可直接上样到系统。整合的簇生成实现了单分子的自动化克隆扩增。产生的DNA簇在NextSeq 500系统上测序，利用Illumina边合成边测序（SBS）技术及专利的可逆终止子原理。凭借成熟的SBS技术，NextSeq 500系统带来了行业领先的测序准确性，其中75%以上的测序碱基都高于Q30。
Illumina对MiSeq的定位是聚焦通量（Focused power）：快速简约，适合靶向和小型基因组测序；NextSeq 500是灵活通量（Flexible power）：快速简约，适合每日基因组学；而HiSeq 2500是生产通量（Production power）：强大GX，适合大规模基因组学。
全基因组测序
单次运行可开展多少大型基因组测序实验（人类基因组，30倍覆盖度）
• MiSeq：不适用
• NextSeq 500：1
• HiSeq 2500：1-10
单次运行可开展多少小型基因组测序实验（5 Mb微生物基因组，如大肠杆菌，30倍或以上覆盖度）
• MiSeq：1-96
• NextSeq 500：120-792
• HiSeq 2500：96-6660
外显子组测序
单次运行可开展多少外显子组测序实验（读长2 x 150 bp）
• MiSeq：1
• NextSeq 500：3-9
• HiSeq 2500：96
参考《NextSeq 500 System Exome Solution Application Note》
RNA测序
单次运行可开展多少基因表达谱分析实验（每个样品10M reads）
• MiSeq：1-2
• NextSeq 500：13-40
• HiSeq 2500：60-400
单次运行可开展多少转录组测序实验（每个样品50M reads）
• MiSeq：不适用
• NextSeq 500：2-8
• HiSeq 2500：12-80
参考《NextSeq 500 System RNA-Seq Solution Application Note》
