42.TrEMBL:是与SWISS-PROT相关的一个数据库。包含从EMBL核酸数据库中根据编码序列(CDS)翻译而得到的蛋白质序列,并且这些序列尚未集成到SWISS-PROT数据库中。43.MMDB(Molecular Modeling Database):是(NCBI)所开发的生物信息数据库集成系统Entrez的一个部分,数据库的内容包括来自于实验的生物大分子结构数据。与PDB相比,对于数据库中的每一个生物大分子结构,MMDB具有许多附加的信息,如分子的生物学功能、产生功能的机制、分子的进化历史等,还提供生物大分子三维结构模型显示、结构分析和结构比较工具。 44.SCOP数据库:提供关于已知结构的蛋白质之间结构和进化关系的详细描述,包括蛋白质结构数据库PDB中的所有条目。SCOP数据库除了提供蛋白质结构和进化关系信息外,对于每一个蛋白质还包括下述信息:到PDB的连接,序列,参考文献,结构的图像等。可以按结构和进化关系对蛋白质分类,分类结果是一个具有层次结构的树,其主要的层次依次是类(class)、折叠子(fold)、超家族(super family)、家族(family)、单个PDB蛋白结构记录。 45.PROSITE:是蛋白质家族和结构域数据库,包含具有生物学意义的位点、模式、可帮助识别蛋白质家族的统计特征。PROSITE中涉及的序列模式包括酶的催化位点、配体结合位点、与金属离子结合的残基、二硫键的半胱氨酸、与小分子或其它蛋白质结合的区域等; PROSITE还包括根据多序列比对而构建的序列统计特征,能更敏感地发现一个序列是否具有相应的特征。 |