荧光标记所依赖的化合物称为荧光物质。荧光物质是指具有共轭双键体系化学结构的化合物，受到紫外光或蓝紫光照射时，可激发成为激发态，当从激发态恢复基态时，发出荧光。
荧光标记物质在蛋白的功能研究、药物筛选等领域也有着广泛的应用。人们利用利用荧光标记的多肽来检测目标蛋白的活性，并将其发展的高通量活性筛选方法应用于疾病ZL靶点蛋白的药物筛选和药物开发（例如，各种激酶、磷酸酶、肽酶等）。因此，多肽的荧光修饰，同样是多肽合成领域的重要内容。
下面是一些常用的多肽修饰荧光物质：
下面是一些荧光物质的激发光波长和发射光波长
| 荧光基团 | Ex（nm） | Em（nm） | 荧光基团 | Ex（nm） | Em（nm） |
| 羟基香豆素 | 325 | 386 | R-phycoerythrin (PE) (489) | 565 | 578 |
| 丹磺酰氯 | 340 | 578 | Rhodamine Red-X | 560 | 580 |
| AMC | 345 | 445 | Tamara | 565 | 580 |
| 甲氧基香豆素 | 360 | 410 | Alexa fluor 555 | 556 | 573 |
| Alexa fluor系列 | 345 | 442 | Alexa fluor 546 | 556 | 573 |
| 氨基香豆素 | 350 | 445 | Rox | 575 | 602 |
| Dabcyl | 453 | - | Alexa fluor 568 | 578 | 603 |
| Cy2 | 490 | 510 | Texas Red | 589 | <
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