微卫星遗传分析

介绍

  微卫星标记（Microsalite）也称为短串联重复序列（STR）或简单重复序列（SSR），是广泛分布在真核生物基因组中的简单重复序列，一般由一个长2～6bp的核心序列经多次串联重复排列而成，重复次数大多在10～60次之间。微卫星中重复单位的数目存在高度变异，这些变异表现为微卫星数目的整倍性变异或重复单位序列中的序列有可能不完全相同，因而造成多个位点的多态性。SSR标记能很好地将这些变异揭示出来，不同的SSR在不同的种甚至不同个体间的多态性。由于基因组中某一特定的微卫星的侧翼序列通常都是保守性较强的单一序列，因而可以将微卫星侧翼的DNA片段克隆、测序，然后根据微卫星的侧翼序列就可以人工合成引物进行PCR扩增，从而将单个微卫星位点扩增出来。由于单个微卫星位点重复单元在数量上的变异，个体的扩增产物在长度上的变化就产生长度的多态性，这一多态性称为简单序列重复长度多态性(SSLP)，每一扩增位点就代表了这一位点的一对等位基因。由于SSR重复数目变化很大，所以SSR标记能揭示比RFLP高得多的多态性。STR分型GX快捷，结果精确，是非常重要的遗传标记，在基因定位、遗传育种等领域有着广泛的应用。

检测技术

  微卫星位点通常通过PCR扩增和电泳检测，并根据片段大小分离等位基因进行分析；扩增后的等位微卫星可以用多种方法检测，传统方法采用聚丙烯酰胺凝胶电泳加放射显影或银染的方法，费时费力效率低。利用ABI遗传分析仪对荧光标记的DNA片段进行检测，结合分子量内标进行DNA片段长度计算，使STR分型变得GX快捷，结果也更加精确。基于测序仪平台，我公司同时提供的全套微卫星（STR、SSR）分型服务，包括MSI、LOH分析等。

实验流程

1. 实验方案的设计，包括荧光标记的选择，引物的设计、合成和标记、内标的选用等。

2. 预实验：确定PCR反应条件。

3. 正式实验：完成荧光PCR，并在测序仪上完成电泳扫描，数据采集，去掉低值数据，分析结果、补充测序、完成分析。

4. 对收集的数据进行处理分析，提供产物片段大小、数量多少的信息数据。

样本要求

■ DNA样品：浓度≥50ng/ul、体积≥20ul的总DNA样品，DNA抽提：血液20元/样本；新鲜组织30元/样本；石蜡包埋组织50元/样本

■ 血液样品：请提供≥500ul抗凝血；采用标准的采样管，抗凝剂推荐使用EDTA

■ 组织样品：请提供足量的组织样品（≥300mg）

■ 细胞（≥10⁶ ）

■ STR位点信息： STR位点上下游各200bp的确切序列及STR位点的信息

提供结果

1. 实验过程及其涉及的电泳图、测序峰型图；

2. 扩增和反应体系所设计的引物序列；

3. 客户所需的其他资料。