高通量测序 转录组测序

一、转录组（RNA-Seq）文库构建

         转录组(transcriptome)是特定细胞在某一功能状态下全部转录本的总和。爱基生物利用标准化操作实验室、专业仪器和进口试剂耗材，对合作伙伴的样品进行标准检测、文库构建和质检，实验周期短，质量可靠。出库后直接上 Illumina 高通量测序平台进行后续测序分析。

技术原理
         1.   mRNA的提取和纯化
                 
         2.   mRNA 片段化与cDNA 合成
                     
实验周期
         提供Total RNA，在5个工作日内完成；
         提供组织、细胞等样本，在7个工作日内完成。

送样要求
         1.   RNA 请提供≥15 μg，OD_260/280=1.8～2.2，OD_260/230 ≥2.0，浓度≥400 ng/μL，28S:18S ≥1.0，23S:16S ≥1.5；组织请提供总量大于5 g的新鲜样品，植物材料应尽量选取幼嫩部位，避免过老的组织。采样后立即洗净液氮速冻，保存于- 80℃（保存期不超过1个月）。
         2.  样品寄送注意：干冰运输，运输时间不超过72 h。每管务必标清样品编号，管口使用 Parafilm 膜密封，切忌反复冻融样品。质检以送达后我们电泳胶图、紫外分析仪定量为准。


二、真核转录组测序 

产品目的及意义
         转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有 RNA 的总和，该产品目前主要针对 mRNA。转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点，通过新一代高通量测序，能够全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息，已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。 
 
 
生物信息分析内容 
   Ⅰ.标准信息分析（需提供参考基因序列、参考基因组序列及基因注释结果） 
            1.   对原始数据进行去除接头污染序列及低质量 reads 的处理 
            2.   测序评估（比对统计、测序随机性评估、reads 在基因组上的分布） 
            3.   基因表达注释（基因覆盖度、覆盖深度分布等） 
            4.   基因差异表达分析（两个或两个以上样品, 10次以上比对将作为个性化分析条款） 
            5.   对基因结构进行优化 
            6.   鉴定基因的可变剪接 
            7.   预测新转录本 
            8.   SNP 分析 

       Ⅱ.标准信息分析（无参考序列） 
     1.   对原始数据进行去除接头污染序列及低质量reads 的处理 
            2.   数据产出统计及测序数据的成分和质量评估 
            3.   组装结果分析（Contig 长度分布、Unigene 长度分布） 
            4.   Unigene 功能注释 
            5.   Unigene 的 GO 分类 
            6.   Unigene 的 COG 分类 
            7.   Unigene 代谢通路分析 
            8.   预测编码蛋白框（CDS） 
            9.   Unigene 表达差异分析（两个或两个以上样品, 10次以上比对将作为个性化分析条款） 
           10.  Unigene 在样品间的差异 GO 分类（需两个或两个以上样品）和 Pathway 富集性分析 

   定制化信息分析 
    可结合客户的需求，协商确定定制化信息分析内容。 


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