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IPA(Ingenuity Pathway Anaylsis)是目前生命科学研究领域最可靠,最全面的功能研究利器。基于后台高度结构化的Ingenuity Knowledge Base,包括人工阅读提取的几百万条公开发表的科研成果和报告,IPA的数据分析和搜索能力可以帮助您了解您所获得的数据、特定的靶标或者候选生物标志物在庞大的生物化学体系中重要性。
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IPA的引用量逐年上升,已经在生命科学研究的各个领域应用.
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IPA分析软件的特点:
1. 数据库的完整性与广泛性
Ingenuity® Knowledge Base数据库是构成所有Ingenuity产品的核心技术。它是一个由生物相互作用和功能注释信息构成的数据库,包含数以百万计的独立建模的proteins, genes, complexes, cells, tissues, drugs和disease间相互关系,是目前国际上的。
2. 分析结果基于实验结果支持
它包括来自广泛的生物医学出版文献,IPA科学家总结的知识,以及各种值得信赖的第三方来源数据和数据库的信息,这样就可以轻松地把多种信息整合在一起。
IPA主要分析内容:
1) Canonical pathways analysis
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图1 pathway差异显著性和激活YZ情况柱形图
2) Diseases and Bio Functions
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图2 Diseases和Bio Functions总体分布块状图
3) 基因的信号通路网络图
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图3 基因表达与调控信号通路网络图
4)上游调控分析
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图4 上游调控因子EOME1与下游调控关系网络图
5) 调控机制分析
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IPA运用案例:
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研究背景
类风湿性关节炎(RA)和二型糖尿病(T2D)都是非常复杂且慢性的系统性疾病。这两种病都显著增加了患上心血管疾病(CVD)的风险,对患者的身体健康造成严重的困扰。
该研究通过对RA和T2D患者的测序数据用IPA软件进行分析和比较,深入研究了RA和T2D之间的内在关联。
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IPA singnaling pathways 和bio-function分析结果
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IPA upstream regulators network分析