SMARTer Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing – v3—单细胞RNA反转录扩增试剂盒

在研发新的SMARTer超低起始量RNA建库试剂盒的过程中，我们既总结了过去几年内部研究的成果，有结合了过去几年外部实验室的研究数据，为的就是创造一种新的超低建库起始量的转录组分析方法。这个新的试剂盒以Clontech研究20年的SMART（Switching Mechanism at 5‘End of RNA Template）技术为基础，提供给大家一种效果显著提高的新方法。这款SMARTer Ultra Low Input RNA Kit 可以从一个细胞或者非常少的Total RNA为起始，构建一个用于RNA测序的cDNA文库。以1-1000个细胞或者10pg-10ng的total RNA为起始，构建一个全长的cDNA文库。和以前的SMARTer试剂盒相比较，新的SMARTer Ultra Low Input RNA Kit V3 可以鉴定出更多的基因，更高的转录组mapping rate，更全的外显子覆盖度。这款试剂盒适用于多个平台，包括Illumina和Ion Torrent。

• 流程简单：单管操作，全细胞起始，保持样本的完整
• 无与伦比的敏感度：1个细胞或者10pg的total RNA起始（起始量范围：1-1000细胞或者10pg-10ng的total RNA）
• 改进了cDNA扩增流程：SeqAmp DNA Polymerase包含在试剂盒中，可以有效的扩ZGGC基因
• 适用于多重测序平台：从DNA文库即适用于Illumina平台，又适用于IonTorrent平台
• 高质量的RNA-seq数据：鉴定更多数量的基因，全长基因的分析，rRNA比率小于2%，并且明显改善了对高GC区域的处理能力

上图比较了两款试剂盒的性能，SMARTer Ultra Low Input RNA for Illumina Sequencing Kit（UL-HV）和SMARTer SMARTer Ultra Low Input RNA for Illumina Sequencing Kit-V3（UL-v3）试剂盒，分别采用100pg人脑部的总RNA（HBR）和10pg的小鼠脑部的总RNA进行建库，在Illumina的MiSeq平台上进行测序，当建库起始量较低的情况时，UL-V3的敏感度明显好于UL-HV。

上图为单个细胞或1000个细胞（Hela or Jurkat Panel A and Panel B, respectively）采用 SMARTer Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing – v3进行扩增，得到的cDNA样本在Agilent 2100上进行分析，单一的主峰指出了cDNA的纯化效果和产量（另外，Hela细胞样本~1kb附近的peak值使用单个的高表达基因FTH1所导致的。）

上图为应用两款试剂盒UL-HV和UL-V3，100pg的人脑部总RNA,建库测序所得到的比较结果。根究GC含量和相关系数来比较两款试剂盒，同一款试剂盒重复测试的基因数量保持了很好的一致性，不论是UL-HV还是UL-V3，但是当比较这两款试剂盒的时候，相比UL-HV来说，UL-V3高GC区域的基因（红色）表现出更高的表达，而中等或者低GC含量的区域（分别为灰色和蓝色）显示出相似的表达情况。

两款试剂盒，两种不同的细胞类型，均表现出了非常好的均一度。

1个或者1000个细胞，UL-V3试剂盒进行构建文库，不论是Illumina平台，还是IonTorrent平台，均表现非常好，非常稳定的效果。