对于DNA甲基化的检测,目前采用:甲基化DNA富集并结合高通量测序(MBD-Seq, Methylated DNA Binding Domain-Sequencing)的方法。MBD-Seq的原理是:由于在哺乳动物中甲基化一般发生在CpG的胞嘧啶5位碳原子上,所以可通过特异性结合甲基化DNA的蛋白MBD2b或5’-甲基胞嘧啶抗体富集高甲基化的DNA片段,并结合第二代高通量测序,对富集到的DNA片段进行测序,从而检测全基因组范围内的甲基化位点。
技术路线
生物信息分析
DSAM-01 | 测序质量评估(QC) |
DSAM-02 | MBD-Seq序列与参考序列比对 |
DSAM-03 | MBD-Seq序列比对的甲基化信息概况 |
DSAM-04 | Peak calling |
DSAM-05 | Peak在基因上、基因间区的分布情况 |
DSAM-06 | Peak在基因组区域富集程度统计 |
DSAM-07 | Peak在基因组区域富集程度统计 |
DSAM-08 | Peak区域功能注释和富集度分析 |
其他 | |
样品要求:
1) 样品质量:OD 260/280值应在1.8~2.0 之间;无RNA污染。无降解(在琼脂糖电泳中,DNA的片段在23kb 的Hind III 酶切的lamda phage DNA的片段之后靠近电源的负极).
2) 样品浓度:浓度不低于50ng/µl。
3) 样品总量:每个样品总量不少于15µg。
4) 样品溶剂:要溶解在无菌的10 mM TirsHCl, 1mM EDTAE (pH 8.0)溶液中。经过65C 10分钟处理(将可能存在的DNAase 灭活);
5) 样品运输: DNA低温运输(-20℃);且在运输过程中请用parafilm将管口密封好,以防出现污染。
特别声明:为了更好的让广大客户放心以及提高本公司自身的服务水平,我们谨慎的作出以下承诺:
1、 在实验不成功的情况下,我们不收取您任何费用;
2、 如果您发现实验结果有任何造假、虚构及有违实验事实的情况,我们将支付实验费用1000%的额外赔偿;
如果您需要此项服务 您可以直接在线下单,我们会在收到后回电并确认订单详情;或者您也可以在线咨询,我们的技术人员会向您介绍我们的具体服务细节;如果您尚未确定是否需要此项服务,或者暂时没有准备好实验材料,欢迎您在有需要时致电我们的RACE专线:400-000-6560
应用案例
非小细胞肺癌(NSCLC)是一个复杂的恶性肿瘤,由于其异质性预后不良的诊断,预后和患者的ZL带来了许多挑战。 DNA甲基化是一个表观遗传调控在正常发育和癌症的重要机制。这是一个非常稳定和特别的模型,因此,是非常适合作为肿瘤表观遗传研究的代表。研究者采用了NSCLC样本和对照组肺组织进行全基因组DNA甲基化分析,结合MethylCap和高通量测序(MBD-seq),以提供全面的肿瘤和对照组肺标本的DNA甲基化图谱。结果通过重亚硫酸氢钠MethylCap序列数据验证。结果表明,重复实验内及实验组和对照组间的MethylCap-Seq数据均显示很强的正相关性