产品说明:简介:全基因组重测序是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序,并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。它可以获取Z全的基因组信息,找到大量的单核苷酸多态性位点(SNP),插入缺失位点(InDel,Insertion/Deletion)、杂合性缺失(LOH)、拷贝数变异(CNV)以及基因组重排导致的结构变异位点(SV,Structure Variation)。晶能凭借多年稳定的信息学研究分析经验,可以针对各种变异进行综合分析;配合比较基因组学分析,群体遗传学分析,进化分析和计算生物学分析方法既可以用于深入探索疾病基因组的奥秘,也可以GX识别动植物的性状连锁区域,为育种品种改良提供科学依据和技术支撑。
技术路线:生物信息分析 WSAM-01 | 测序质量评估(QC) |
WSAM-02 | 序短序列统计匹配(Read Mapping)与数据统计 |
WSAM-03 | SNV与indel识别与计算 |
WSAM-04 | 变异体功能属性分析 |
WSAM-05 | SV结构变异分析 |
WSAM-06 | CNV分析 |
其他 | |
样品要求1) 样品总量:≥ 10ug;
2) 样品浓度:≥ 50ng/ul.
3) 样品纯度:OD值260/280应在1.8~2.0;
4) 样品质量:基因组完整、无降解、无污染。
5) 样品包装:用封口膜密封样品,DNA低温运输(-20℃)。
特别声明:为了更好的让广大客户放心以及提高本公司自身的服务水平,我们谨慎的作出以下承诺:
1、 在实验不成功的情况下,我们不收取您任何费用;
2、 如果您发现实验结果有任何造假、虚构及有违实验事实的情况,我们将支付实验费用1000%的额外赔偿;
如果您需要此项服务 您可以直接在线下单,我们会在收到后回电并确认订单详情;或者您也可以在线咨询,我们的技术人员会向您介绍我们的具体服务细节;如果您尚未确定是否需要此项服务,或者暂时没有准备好实验材料,欢迎您在有需要时致电我们的RACE专线:400-000-6560
案例1:拟南芥重测序
背景:拟南芥(Arabidopsis thaliana)是一种十字花科植物,在分子遗传学、植物学以及农业科学的研究中发挥了重要的作用,是重要的模式生物,种群间有不同的遗传差异。
目的:利用Roche 454和ABI SOLiD两种高通量平台对拟南芥野生品种Ws-2及其突变株ebi-1进行全基因组重测序,寻找突变相关基因及SNPs。
结果:ebi-1和Ws-2分别获得了8 Gb和8.5 Gb的测序数据;通过与拟南芥Col-0基因组序列比对,共发现了144,787个共有SNPs,109个ebi-1特有的突变和6个Ws-2特有突变。同时还找到了生物钟相关基因AtNFXL-2,并在此基因上发现了一个SNP,正是这个突变引起了ebi-1的表型变化。
[ Ashelford K, Eriksson ME, Allen CM, et al. Full genome re-sequencing reveals a novel circadian clock mutation in Arabidopsis. Genome Biology, 2011, 12(3): 1186-1198 ]
案例2:鸡基因组重测序
背景:鸡是个完成基因组序列测定的农业动物(2004年),是研究脊椎动物遗传、进化和发育重要的模式生物。
目的:利用高通量测序技术对家鸡及其野生祖先红原鸡进行全基因组重测序,研究鸡在几千年驯化过程中的遗传变异。
结果:研究发现了超过7,000,000个SNPs、1,300个缺失(deletions)和若干选择性清除(selective sweeps)。家鸡中促甲状腺激素受体(TSHR)基因存在显著变异,这也许与被驯化动物的一个典型特征相关。另外,家鸡它没有野生种群中所见的季节性生殖的严格调控。同时,研究发现在肉鸡群体中检测到的几个选择性清除片段,与生长、食欲和代谢调控相关的基因重叠在一起。