测序类服务：宏基因组测序（全基因组测序）技术服务

实验技术简介：宏基因组学是以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象，通过现 代基因组技术手段包括功能基因的筛选和测序分析，对环境中微生物多样性、种群结构、进化关系、功能活性、相互协作关系以及环境之间的关系进行研究的新的微 生物研究方法。随着高通量测 序技术的发展，为宏基因组学研究提供了新的理想研究方法。高通量测序的方法无需分离环境中各种微生物，也无需构建克隆文库就可以直接对环境中所有微生物进 行测序。可以真实客观的反映环境中微生物的多样性、种群结构、进化关系等。目前又可以分为针对16s DNA/18sDNA/ITS测序和针对宏基因组全序列的测序研究。下面就是对这两者的具体介绍。

16s DNA/18s DNA/ITS测序
16sDNA是最常用的微生物物种分子鉴定的标签，，通过对样 品中16sDNA测序可以鉴定其中微生物物种的丰度和分布情况。 目前，普遍使用Roche 454平台来对环境样品进行16s DNA测序。因为16s DNA序列比较相似，读长短的话，难以进行有效的比对，而454平台的平均读长在400bp左右，可以很好的避免此类问题。

宏基因组全测序
在这种测序方式中，我们可以假定一个环境中的所有微生物就是一个整体，然后对其中所有的微 生物进行测序。这样我们就可以研究样品中的功 能基因以及其在环境中所起的作用而不用关心其来自哪个微生物。可以发现新的基因，可以进行基因的预测，甚至有可能得到某个细菌基因组的全序列。此外，该项 测序不单可以针对DNA水平，也可以针对全RNA进行基因表达水平的研究。 我们可以根据不同的实验要求合理的选择测序平台。其中一个方法就是结合454平台和solexa平台一起。这样既可以保证足够的覆盖深度，也可以兼顾读 长。

实验操作流程：
1、样品提取总DNA；
2、基因组片段化、加测序接头；
3、琼脂糖凝胶电泳回收合适大小的片段；
4、完成测序文库的制备，用Illumina Hiseq2500进行测序；
5、数据分析。

实验注意事项：
客户提供：
1、样品量：细胞样品请提供至少5×10⁶个细胞，组织样品请提供至少100mg的组织块或切片。DNA样品请提供2μg以上的基因组DNA。
2、样品质量：DNA无明显降解，OD260/280值在1.7～1.9之间，浓度≥ 50ng/μl。
3、样品保存：细胞样品或新鲜组织块（切成～50mg的小块）用液氮速冻后，-80℃保存。DNA样品可溶于的超纯水或TE（PH8.0）中，-20℃短期保存或者-80℃长期保存。样品保存期间避免反复冻融。
4、样品运输：细胞或组织样品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰运输。DNA样本放离心管或者PCR板中，密封后，冰袋运输。
5、目的基因或转录因子的相关背景资料。
交付标准：
完整项目报告（材料、试剂、仪器、方法、数据分析、实验结果）

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