microRNAs(miRNAs)是一种大小约21—23个碱基的单链小分子RNA,是由具有发夹结构的约70—90个碱基大小的单链RNA前体经过Dicer酶加工后生成,不同于siRNA(双链)但是和siRNA密切相关。microRNA通过和靶基因mRNA碱基配对引导沉默复合体(RISC)降解mRNA或YZmRNA的翻译,从而在转录后水平调控蛋白表达(发现microRNA也能在转录水平调控基因表达)。microRNA在物种进化中相当保守,在动物、植物和真菌等中发现的microRNAs表达均有严格的组织特异性和时序性。microRNA在细胞生长和发育过程中起多种作用,包括调控发育、分化、凋亡和增殖等。
一、技术路线和方法:二、生物信息学分析2.1 基本数据分析
Part01:原始数据预处理与均一化
Part02:差异microRNA筛选
Part03:聚类分析(层次聚类、K-means聚类)
Part04:差异microRNA靶基因预测(或与mRNA芯片关联分析)
Part05:靶基因GO分类
Part06:靶基因Pathway分析
2.2 高级数据分析
Part08:差异microRNA转录因子结合位点分析(或与转录因子芯片关联分析)
Part09:差异microRNA与靶基因调控网络
Part10:转录因子、microRNA、靶基因互作网络
Part11:差异microRNA调解效应评分分析
三、芯片平台 芯片平台 (Human) | 型号 | miRNA数量 | 规格 | 货号 |
Agilent | Agilent Human miRNA芯片V18.0 | 1523条人miRNA | 8×60K | BT1000212 |
364条人病毒miRNA |
Agilent | Agilent Human miRNA芯片V16.0 | 1205条人miRNA | 8×60K | BT1000215 |
142条人病毒miRNA |
Affymetrix | GeneChip®miRNA3.0V17芯片 | 19931(成熟miRNA)2999(人,大小鼠前体) | 1× | BT1000211 |
LC | µParaflo® Microfluidic Biochip Technology18.0 | 1898条 | 1× | BT1000213 |
华联 | 人类miRNA 芯片v4(18.0) | 1921(1884条探针) | 1× | BT1000214 |
芯片平台 (Mouse) | 型号 | miRNA数量 | 规格 | 货号 |
Agilent | Agilent Mouse miRNA芯片V18.0 | 1122条小鼠miRNA | 8×60K | BT1000222 |
57条小鼠病毒miRNA |
Affymetrix | GeneChip®miRNA3.0V17芯片 | 19931(成熟miRNA)2999(人,大小鼠前体) | 1× | BT1000221 |
LC | µParaflo® Microfluidic Biochip Technology20.0 | 1908条 | 1× | BT1000223 |
华联 | 小鼠&大鼠miRNA 芯片v5(19.0) | 小鼠1265条 | 1×(468探针共有) | BT1000224 |
大鼠722条 |
芯片平台 (RAT) | 型号 | miRNA数量 | 规格 | 货号 |
Agilent | Agilent Rat miRNA芯片V18.0 | 677条 | 8×15K | BT1000232 |
Affymetrix | GeneChip®miRNA3.0V17芯片 | 19931(成熟miRNA)2999(人,大小鼠前体) | 1× | BT1000231 |
LC | µParaflo® Microfluidic Biochip Technology20.0 | 728条 | 1× | BT1000233 |
华联 | 小鼠&大鼠miRNA 芯片v5(19.0) | 小鼠1265条 | 1×(468探针共有) | BT1000234 |
大鼠722条 |
注:其他物种芯片请联系公司销售工程师四、完成时间2个月,(其中生物信息分析1个月)所有版权及解释权归BIOTREE公司所有!