小RNA是生物体内一类序列长度在20~30bp,对生命活动具有重要调控作用的RNA分子。他们通过与靶基因mRNA特异性结合来调控基因表达水平,从而在疾病发生和生长发育过程中起着重要的调控作用。小RNA测序是利用高通量测序技术对miRNA进行检测,能快速、鉴定并定量不同疾病状态下、不同组织已知和潜在的miRNA及其差异表达,为研究miRNA的作用提供有力帮助。
应用研究
探索发育过程中miRNA的调控作用:比较不同发育阶段的差异表达miRNA并对其靶基因进行分析注释,探索发育过程中相关miRNA的调控作用。
研究肿瘤相关miRNA:miRNA 表达与多种癌症相关,并且这些基因可能起到肿瘤YZ基因或是癌基因作用。 肿瘤miRNA测序可以分析肿瘤特异miRNA的调控作用,助力于肿瘤发生机理的研究。筛选疾病分子标记物:通过对疾病组织、患者血液和正常对照进行miRNA测序,筛选特异miRNA作为疾病分子标记物,便于疾病的检测。
差异表达miRNA 互作网络分析
经典案例解析
利用小RNA测序筛选宫颈癌血清标记物
Identification and characterization of novel serum microRNA candidates from deep sequencing in cervical cancer
patients. Scientific Reports. 2014
本研究通过对21名宫颈癌患者和21名正常个体血清进行miRNA测序,在宫颈癌患者血清中发现了199个miRNA候选标记物,在正常个体中发现了202个。患者和正常个体中发现17个共有miRNA候选标记物,通过筛选确定2个miRNA—PmiR-1、PmiR-2为候选标记物。这2个miRNA在宫颈癌患者血清中比正常个体表达量显著偏低。研究者通过ROC曲线分析,PmiR-2的AUC值为0.921,因此PmiR-2可能为宫颈癌血清标记物。后续研究发现PmiR-2相关靶基因有379个,这些基因主要参与细胞凋亡、细胞增殖、血管再生以及先天免疫作用。
PmiR-1、PmiR-2 ROC曲线分析 PmiR-1、PmiR-2参与的代谢调控