染色质免疫共沉淀测序(Chromatin Immunoprecipitation Sequencing , ChIP-Seq)是指利用染色质免疫共沉淀技术特异性的富集与目的蛋白结合的DNA片段,分离纯化出DNA片段后构建文库并进行高通量测序。通过ChIP-Seq可将测序得到的数百万条序列标签JZ的定位到参考基因组上,在全基因组范围内定量获取与组蛋白、转录因子等相互作用的DNA区域信息,分析疾病相关表观遗传变异。
筛选调控蛋白在基因组上的结合靶点:对转录因子、DNA/RNA聚合酶、转录复合物等调控因子蛋白进行特异性富集、对其靶DNA进行测序,分析筛选其调控的靶位点和靶基因。
揭示差异化表观遗传变异原理:通过对不同表型组织内组蛋白、转录因子蛋白等进行ChIP-Seq并结合其靶基因表达水平的差异,揭示差异化表观遗传变异原理。
研究表观遗传变异疾病:比较分析疾病组织和正常组织特定蛋白结合靶点的差异,探索表观遗传变异在疾病发SF展中的作用机制。
样本要求
样品类型:DNA 样品
样品总量:≥100 ng
样品浓度:≥10 ng/µl
样品纯度:OD260/280为1.8-2.2
DNA片段大小:分布在100~500 bp范围,且主要片段在250bp
测序平台:HiSeq 2500 SE50
推荐测序数据量:20M reads
项目周期 3个月
蛋白结合区域 蛋白结合位点
经典案例解析
High-resolution chromatin immunoprecipitation (ChIP) sequencing reveals novel binding targets and prognostic role for SOX11 in mantle cell lymphoma. Oncogene. 2014
本研究通过对套细胞淋巴瘤细胞株Granta-519进行ChIP-Seq,发现SOX11结合基因在WNT、转化生长因子(TGF-beta)等与癌症相关信号通路上。随后研究人员对SOX11调控WNT信号通路进行深入研究,siRNA沉默SOX11,对三种不同细胞系进行转录组测序,结果发现上调WNT信号通路的基因表达量上升,而YZWNT信号通路的基因的表达量下降,结合细胞生长参数发现SOX11通过YZWNT信号通路进而YZ肿瘤细胞增殖。
SOX11靶基因相关信号通路 SOX11调控WNT信号通路
ChIP-Seq揭示OGT在早前产前应激过程中的作用
Targeted placental deletion of OGT recapitulates the prenatal stress phenotype including hypothalamic mitochondrial dysfunction. PNAS. 2014
早期产前应激(EPS)是胎儿神经发育障碍的关键因素,尤其对于雄性子代。本研究通过对两个小鼠胎盘上进行的ChIP-seq分析 O-GlcNAc 转移酶(OGT )在这个过程中的作用,文章在EPS胎盘及对照的胎盘中进行OGT及H3K4me3的ChIP-seq显示,相比于对照组的胎盘,EPS胎盘中H3K4me3结合的DNA片段变化不明显,而OGT结合的DNA片段则有明显减少,说明OGT的表达量明显降低。H3K4me3与DNA的结合会促进相应基因的高表达,而OGT对基因表达的影响则比较复杂,一方面依赖于与组蛋白的相互作用,一方面受不同处理的影响。为了进一步验证OGT的作用,作者建立了胎盘OGT敲除的小鼠模型,其子代表现出体重降低及下丘脑-垂体-肾上腺轴应激反应增强,而且会导致下丘脑区域线粒体功能的调节异常,
peaks区域分布图 OGT敲除对子代体重的影响