Sequenom 原理介绍SNPs 质谱分析方法的原理是：首先通过PCR 反应扩增出含有待检SNP 位点的目的片段，然后用SAP 酶去除PCR 体系中剩余的脱氧核糖核苷三磷酸(dNTP)和引物,然后加入单碱基延伸引物，其3’末端碱基紧挨SNP 位点，且与目的片段上的碱基完全互补，采用四种ddNTP替代dNTP，这样，探针在SNP 位点处仅延伸一个碱基，连接上的ddNTP 与SNP 位点的等位基因对应。用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS) 检测延伸产物与未延伸引物间的分子量差异, 确定该点处碱基。SNPs 的质谱分析方法特点是应MALDI-TOF 质谱进行SNPs 分析是基于根据不同的分子量可以将等位基因排序。如产物中存在两个单核苷酸多态性位点，每一个位点有一个等位基因，那么该等位基因是纯合子。如果两个单核苷酸多态性都是杂合子，那么质谱仪将会捕捉到四个不同的波谱峰。不同的波谱峰形状代表电荷标记的不同质量。在多重分析中如果两个不同的SNP 位点的任意两个等位基因质量相同时，电荷标记还可以用来移动某一个特异性的SNP 位点。
Sequenom实验步骤1、引物设计：根据SNP 位点序列信息，使用sequenom 公司的引物设计软件Assay design3.1, 设计PCR 反应和单碱基扩展引物并合成。
2、DNA提取
3、PCR反应获得检测片段
4、质谱检测
5、数据分析
数据分析方法概述统计分析：基因型频率和等位基因频率计算，并且检验Hardy-Weinberg 平衡和MAF，通过Person 卡方检验比较病例组和对照组之间基因型和等位基因分布情况。
具体分为三种分析：
单个SNP 关联分析：通过 Pearson 卡方检验或Fisher 精确检验，分析正常组和疾病组在每个位点上基因型和等位基因的差异，寻找与疾病相关的位点。
LD(linkage disequilibrium)分析：在某一群体中，不同座位上某两个等位基因出现在同一条单体型上的频率与预期的随机频率之间存在明显差异的现象，称连锁不平衡 (linkage disequilibrium)。这种不同基因座位的某些等位基因非随机联合经常会在一起遗传。通过Ｄ’/r^2 等考察位点之间的连锁不平衡。
单体型分析：相邻SNP 的等位位点倾向于以一个整体遗传给后代，位于染色体上某一区域的一组相关联的SNP 等位位点被称作单体型（haplotype)。通过Pearson 卡方检验考察这些整体遗传的体型是否和疾病关联。
