DNA甲基化是表观遗传学的重要组成部分,在维持正常细胞功能、遗传印记、胚胎发育以及人类肿瘤发生中起着重要作用,是目前新的研究热点之一。随着对甲基 化研究的不断深入,各种各样甲基化检测方法应运而生。其中,MeDIP-chip(MeDIP: Methylated DNA Immunoprecipitation)是目前高通量分析基因组DNA甲基化变化的一种准确可靠的实验技术,运用该技术,可以检测全基因组范围内的甲基 化位点;研究启动子甲基化对基因的调控;比较不同组织、细胞、肿瘤等的甲基化图谱以及寻找诊断和预后的分子标志物。 虹舜生物为您提供(h)MeDIP-qPCR技术服务,您只需要提供保存完好的标本及标本信息,虹舜生物就可为您完成全部实验操作,包括超声打断基因 组、甲基化DNA免疫共沉淀、MeDIP与 Input DNA片段线性扩增、图像采集和数据分析,提供给您完整的实验报告。 | (h)MeDIP-qPCR服务技术优势: ※ 一站式服务:客户只需要提供保存完好的组织或细胞标本,技术服务人员就可为您完成全部实验操作(图1)和数据分析流程,并提供完整的实验报告。 ※ MeDIP富集效果特异性佳:MeDIP是获得准确测序数据的关键。MeDIP平台经过不断地优化,抗体富集效率高和特异性好。 ※ 严格的质控体系:虹舜生物在MeDIP-chip每个关键步骤都加入了质控实验。这些QC数据能够评估每个步骤的实验质量。如果达不到标准,我们会重复实验步骤或者优化实验体系,使得每个样品都能够达到质控标准。 *图释: MeDIP-ChIP实验流程和质控体系。 *图释:MeDIP-qPCR 质控。MeDIP特异地富集甲基化的DNA区域(H19启动子区),而非甲基化区域(GAPDH启动子区)几乎无富集。 (h)MeDIP-qPCR技术服务主要实验流程: 1超声打断基因组: 将基因组DNA超声打断成400bp-500bp DNA片段 2甲基化DNA免疫共沉淀: a) 加热变性并将变性后的单链DNA样品分成两份 b) 其中一份单链DNA样品加入抗5’-甲基化胞嘧啶核苷抗体 c) 用免疫磁珠法分离b步样品中甲基化DNA片段的抗体复合物,样品中其余的非甲基化DNA片段被清洗掉 d) 纯化免疫共沉淀的DNA片段(MeDIP) 3实时荧光定量PCR检测 4实验数据处理 ● Total input DNA样品作为模板,用待测基因特异性引物进行qPCR,检测得到Ct值(Input) ● Medip DNA样品作为模板,用待测基因特异性引物进行qPCR,检测得到Ct值(MediP) ● 待测基因免疫共沉淀的效率(Medip/ Total input)可通过以下公式计算: %(MedIP / Total input) = 2^[ Ct (Input)- Ct (MedIP) ] * 100实验 |
(h)MeDIP-qPCR样品准备:悬浮细胞: - 约1×107个细胞,低速离心收集,弃去培养液,加入2-5 ml PBS悬浮细胞,转入小离心管中,低速离心沉淀细胞,弃去PBS,放入- 70°C冰箱保存。干冰运输。
贴壁细胞: - 约1 × 107个贴壁细胞,胰酶消化后加入PBS悬浮细胞,低速离心收集,弃去液体,加入2-5 ml PBS悬浮细胞,转入小离心管中,低速离心沉淀细胞,弃去PBS,放入- 70°C冰箱保存。干冰运输。
组织: - 采集新鲜组织(注意:生物体死亡后10分钟内取材料并保存好),组织块以PBS或生理盐水清洗干净,切为小块,放入液氮或- 70°C冰箱中保存,干冰运输。
注:
1、所使用的1.5 ml冻存管或离心管、枪头等必须高温灭菌,装好样品后管口需要以封口膜封好。
2、快递运输所用干冰量至少为8公斤,且运输用泡沫箱需用封箱带密封。
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5 (h)MeDIP-qPCR技术服务.doc
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