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我们采用两种蛋白质同位素标记方法：SILAC和LIT。 选择LIT还是SILAC标记方法主要是取决于各个实验不同的要求。这两种方法可以用来检测蛋白质的丰度变化， 以及在翻译后修饰的变化。在SILAC中，我们的客户须在细胞的生长阶段加入SILAC培养基。在LIT方法中， 我们将对客户提供的蛋白质样品组用化学反应方法进行C13/C12标记。
由于SILAC是在细胞生长的阶段进行标记，在样品处理阶段产生的误差不会影响结果， 因此有可能得到更准确的结果。然而，SILAC方法不适合动物组织或血液样品。有些细胞株在SILAC中培养基很难成长。 SILAC成本往往也是一个须考虑的因素，LIT方法可以用于标记组织，血液和培养的细胞。LIT标记法的成本也比SILAC低。
这种方法中，一对蛋白质样品进行差分的同位素标记。合并后的样品，首先用SDS-PAGE进行分离再进行考马斯染色。 先将明显的蛋白胶带切下，然后再均匀地切下剩下的胶带（通常20-30凝胶带/片将被切下），这样就包括了胶上全部胶带。 每个凝胶带用蛋白水解酶（一般用胰蛋白酶）进行降解，每个凝胶条带得到的肽段通过LC-MS进行分析找出表达变化的多肽， 然后用LC-MS/MS确定是哪种蛋白。由20-30凝胶带得到的数据进行整合并验证。
