土壤微生物多样性分析/沉积物淤泥微生物序列测定_详细资料

产品信息

提供商：微基生物科技（上海有限公司）服务名称：环境微生物多样性分析

土壤微生物多样性分析

服务内容：
研究土壤中细菌、原核、真核、古细菌等土壤微生物多样性，提供整套土壤微生物多样性的研究方案，
方案内容主要包括：“实验规划->样本采集->肠道微生物序列测定->生信统计学分析->论文协助”。

样品采集：
可为客户提供土壤样品的样品采集盒和样本保存液。

检测平台：
Illumina、Ion PGM、PacBio等高通量测序分析、PCR-DGGE等多种微生物多样性分析平台。

送样要求：
DNA样本
1）请提供浓度大于10ng/uL，总量大于200ng的基因组DNA，DNA纯度较差或降解严重会影响后继的扩增实验。如果方便的话，可提供电子版DNA电泳检测照片及OD260/280比值。
2）样品在保存期间避免反复冻融。
3）送样务必标清楚样品编号，并用parafilm膜对管口进行密封。
4）请务必填写完整的送样订单，并用自封袋密封后同样品一起送样，以便收到样品后妥善保存。
土壤样品
1）请提供3-5g的土壤样品，为了防止微生物死亡，土壤样品应尽量保证新鲜。
2）样品在保存期间避免反复冻融。
3）若是样品中含有大量的腐殖质酸、重金属等PCR反应YZ剂，请在送样时注明。
4）请务必填写完整的送样订单，并用自封袋密封后同样品一起送样，以便收到样品后妥善保存。

联系方式
技术咨询热线 /企业QQ：400-660-9270
电话询价：021-31606760/021-31606761
或请登陆公司官方网站查阅： www.tinygene.com
E-mail：support@tinygene.com
期待您的来电！专业、专注，用心服务！

土壤微生物多样性分析 soil microbial diversity

基于16S/18S/ITS序列扩增，根据客户需求采用不同测序平台（Roche 454和 Illumina），利用NGS高通量测序技术，获得庞大的数据信息，通过现代生物信息学手段，获得微生物总体群落，并通过RDA，CCA，NMDS分析，找到环境因子（pH，C/N，湿度，总氮，总磷，TOC，含水量等）与微生物群落组成的相关性，进而分析微生物与环境的相互关系。
研究现状
1、 Congcong Shen等对长白山不同海拔高度，分布有不同植被的土壤微生物进行分析，研究菌落组成的差异及这种差异产生的影响因素与微生物群落之间的相互关系。得到结论，pH能更好的预测不同海拔高度细菌分布，植被类型可能通过改变C/N来间接影响不同海拔高度细菌的分布情况。
Soil pH drives the spatial distribution of bacterial communities along elevation onChangbai Mountain
Congcong Shen, Jinbo Xiong, Huayong Zhang, Youzhi Feng, Xiangui Lin,Xinyu Li,Wenju Liang, Haiyan Chu
Soil Biology & Biochemistry 57 (2013) 204e211
样本质量：0.5g土壤
土壤样本基因组DNA抽提试剂盒：FastDNA SPIN Kit for soil (MP Biomedicals, Santa Ana, CA)
分析区域：16S rRNA V4-V5高变区
测序平台使用：Roche FLX 454 pyrosequencing
主要结论：
（1）不同样本微生物在门的水平上的群落结构分析

（2）不同海拔高度微生物群落的CCA（Canonical correspondence analysis）分析，得到不同海拔高度样本中微生物群落受环境因子（土壤pH、海拔高度、碳氮比、总有机碳、降雨量）影响的差异。

（3）主要微生物群落的相对丰度与不同海拔高度土壤pH之间的相互关系。

2、 Sizhong Yang等研究沿中俄原油管的永冻层土壤中细菌的群落分析。
Pyrosequencing Investigation into the Bacterial Community in Permafrost Soils along the China-Russia Crude Oil Pipeline (CRCOP)
Sizhong Yang, Xi Wen, Huijun Jin, Qingbai Wu
plos one,December 2012 | Volume 7 | Issue 12 | e52730
土壤样本基因组DNA抽提试剂盒：Power Soil DNA Isolation Kit (MOBIO, USA)
16S rRNA分析区域：V1-V3高变区
测序平台：Roche FLX 454
主要结论：
（1）Rarefaction Curve：不同样本稀释曲线分析取样深度是否合理。

（2）群落结构分析：不同样本在门的水平上细菌群落的组成分析

（3）Heatmap：细菌在目得水平上，12个样本中前100个目得细菌菌落分布分析。

（4）PCA分析和NMDS分析：PCA分析显示不同位点的微生物群落组成不同。NMDS分析表明上面冻融层土壤的微生物群落在某种程度上与环境参数总有机碳、总氮、总磷、含水量相关。

（5）VEEN图：分别分析Upper active layer（1300，2300，3300 和 4300）、Lower active layer（1500，2500，3500 和4500)、Permafrost table （1600，2600，3600和4600）样本中OTU的相似性。

我们的分析内容：
技术路线：

项目分析内容
1 基因组抽提电泳检测图
2 设计并合成引物
3 PCR产物定量及均一化
4 高通量测序
5 生物信息学分析
(1)根据barcode将大量的测序结果回归样本
(2)通过严密准确的程序，统计测序结果中的优化序列
(3)OUT（Operational Taxonomic Units）分布统计
(4)菌群多样性、丰度和测序深度指数计算及shannon指数曲线绘制

(5) 稀释曲线（Rarefaction curve）：检测样品的取样深度情况

(6)OTU分类学综合信息表
(7)样品OUT分布的比较--VEEN图：统计多个样品中所共有的 OTU 数目可以反映环境样品的相似性及重叠情况

(8) 多样品相似度比较

(9)微生物群落结构分析

(10) PCA（Principal component analysis）：反映不同样品中微生物群落组成的相似性以及影响微生物多样性的主要因素

(11) PCoA (principal coordinate analysis)

(12) RDA（Redundancy analysis）：使用RDA分析，可进行与环境因子相关的微生物的筛选

(13) CCA（Canonical correspondence analysis）：使用CCA分析微生物群落与环境因子的相互关系
(14) NMDS（Nonmetric Multidimensional Scaling）
（15）系统发育树

  （16）微生物种类分级进化树分析

送样要求
送样类型1
(1)样品类型：新鲜土壤，冻存于-80℃
(2)样品需求：≥3g
(3)样品保存期间切忌反复冻融，送样时请使用冰袋或干冰运输
(4)对于本种类型的样品，一般采用MOBIO PowerSoil DNA Isolation Kit进行基因组DNA抽提，根据样本不同采取抽提方法。
送样类型 2
(1) 样品类型： DNA
(2) 样品需求量：≥300ng
(3) 样品浓度： ≥10ng/μL
(4) 样品纯度：OD260/280=1.8-2.0并确保DNA无降解
(5) 样品保存期间切忌反复冻融，送样时请使用冰袋或干冰运输
(6) 对于本种类型的样品，我们在检测完样品的质量后，进行PCR扩增等后续试验。

联系方式

     技术咨询热线：  400-660-9270
     技术专家：丁博士   18918731023
     联系电话：021-31606760，021-31606761
     传真：    021-51685182
     E-mail：dingxu@biolinker.com
地址：上海浦东川沙路159弄88号1栋3楼

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