长链非编码RNA(LncRNA)测序分析
技术简介:长链非编码RNAs(long non-coding RNAs,lncRNAs)是一类长度大于200 nt且无或少有蛋白编码能力的复杂的RNA,广泛存在于各种生物体内。以RNA形式在表观遗传学,转录及转录后等多种水平调控基因表达,在疾病的病理生理过程中起着重要的调节作用。lncRNA测序服务,一次性获得样本中的mRNA和lncRNAs信息,为全面地、深入地研究lncRNAs的功能提供了全新的工具。
项目流程:
生物信息分析:
有参考序列的的长链非编码RNA(lncRNA)测序信息分析
基础分析: - 原始数据质控;
- LncRNA的鉴定;
- LncRNA表达水平分析;
- 差异LncRNA分析;
- 差异LncRNA靶基因预测;
- 差异LncRNA靶基因的GO分析;
- 差异LncRNA靶基因的pathway分析;
- 聚类分析。
高级分析: - 预测新的LncRNA;
- 新的LncRNA的特征分析;
- 新的LncRNA靶基因预测;
- 新的LncRNA编码潜能预测;
- 新的LncRNA功能注释。
送样要求:样本类型:RNA样本
样本量(一次):植物、真菌:≥20 ug;动物及原核生物:≥10 ug
样本浓度:植物、真菌:≥250ng/ul;人、大鼠、小鼠:≥65 ng/ul
其它类型动物:≥150 ng/ul;原核生物:≥65 ng/ul
样品纯度:真核:OD
260/280=1.8~2.2;OD
260/230≥2.0
RIN≥7.0(动物),RIN≥6.5(植物),28S/18S≥1.0;
昆虫样本无此指标
原核:OD
260/280≥1.8;OD
260/230≥1.8
RIN≥6.0;23S/16S≥1.0;
技术优势: - 通过高通量测序技术,可获得样本中几乎全部的lncRNA序列信息;
- 不局限于对已知lncRNA的研究,还可对未知的lncRNA进行预测;
- 除人和鼠外,还可针对其他真核物种进行LncRNA的测序、分析。