上海ncRNA测序实验外包

上海ncRNA测序实验外包 

长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA)是指长度在200~100000 nt之间不具有蛋白编码功能的RNA分子。 它们存在带polyA尾和不带polyA尾两种形式， 具有跨物种的低保守性，组织特异性表达和丰度低等特点。lncRNA的种类远远超过编码RNA，保守估计哺乳动物基因组序列中4%~9%的序列产生lncRNA转录本， 而相应的蛋白编码RNA的比例仅是1%~5%。目前研究提示lncRNA的功能机制主要包括参与转录调控、转录后调控、蛋白质运输和mRNA降解。lncRNA已经成为非编码RNA研究领域的一个热点，借助高通量测序，研究人员能够快速获得与疾病或者特定生物学过程相关的lncRNA并进行深入研究。

实验技术路线： 

数据分析技术路线： 

部分结果展示：

新lncRNA预测结果（上海ncRNA测序实验外包  ）

lncRNA-mRNA调控网络

样品要求 
1）样品类型：细胞、新鲜组织或RNA样品。 
2）样品量：细胞样品请提供至少1×107个细胞，组织样品请提供至少300mg的组织块或切片，RNA样品请提供10 μg以上的总RNA。 
3）样品质量：RNA无明显降解，提取的总RNA OD260/280值在1.8~2.2之间，浓度≥ 500 ng/μl，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥7。 
4）样品保存：细胞样品或新鲜组织块（切成~50mg的小块）可用TRIZOL或RNA保护剂处理或液氮冻存后，-80℃保存。RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。 
5）样品运输：样品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰运输。

参考文献 
[1] The GENCODE v7 catalog of human long noncoding RNAs: Analysis of their gene structure, evolution, and expression. Genome Res. 2012 22: 1775-1789.
[2] A long noncoding RNA regulates photoperiod-sensitive male sterility, an essential component of hybrid rice. PNAS, 2012, 109:2654-2659

应用案例 
Long Noncoding RNAs with snoRNA Ends . Molecular Cell, 2012, 48:219–230
       利用NGS方法发现：一类双末端都含有小核仁RNA(snoRNA)的内含子序列在剪接发生过程中可以形成一类新型长非编码RNA，命名为sno-lncRNAs。在人类疾病Prader-Willi syndrome紧密关联区域存在五个sno-lncRNAs，它们在人源胚胎干细胞中表达量极高，且异常稳定。功能研究表明，这些sno-lncRNAs加工成熟后均聚集于其转录位点附近，形成一种全新的细胞核亚定位;它们同时还含有多个剪接调控因子Fox2蛋白的特异结合位点，从而可以像“海绵”一样吸附细胞核内的Fox2，调节Fox2在细胞核内的分布，进而影响Fox2对特异 mRNA底物的选择性剪接调控。这些sno-lncRNAs在PWS综合症病人中缺失，从而提示这些新的RNA分子可能与PWS综合症的病理发生相关。

研究结果 
1. 利用RNA测序发现候选的sno-lncRNA，并进行验证确认 。

2. 通过后续试验结果发现sno-lncRNA的调控机制。