特别提示:包括高保真DNA聚合酶在内,本公司的所有产品仅可用于科研实验,严禁用于临床YL及其他非科研用途!
产品名称:高保真DNA聚合酶
英文名称:Pfu DNA Polymerase
产品货号:SY0057
产品规格:100U
Pfu DNA Polymerase 是基于Pfu DNA Polymerase改造而成的新一代超保真DNA聚合酶,具有极高的扩增效率和广泛的模板适应性,可用于几乎所有PCR反应。其行进性 (processivity)得到了大幅度提升,即使是非常复杂的模板,也能准确快速的完成反应。其错配率是普通Taq酶的1/53,是Pfu酶的1/6;
与上一代Pfu DNA Polymerase相比,Pfu中添加了独特的延伸因子、特异性促进因子以及平台期解YZ因子,使其长片段扩增能力、扩增特异性性以及扩增产量方面得到了大幅度提升:1)使用λDNA、质粒等简单模板,Pfu 可以有效扩增长达40 kb的片段;2)使用基因组DNA等复杂模板,Pfu可以有效扩增长达20 kb的片段;3)使用cDNA模板,Pfu可以有效扩增长达10 kb的片段。此外,Pfu对PCRYZ剂具有良好的抵抗能力,可用于细菌、真菌、植物组织、动物组织或全血样品的直接PCR。II Pfu中添加了在常温下能够YZ其5’→3’聚合酶活性和3’→5’外切酶活性的两种单克隆抗体,可进行高特异性的热启动PCR。
该酶具有5’→3’聚合酶活性和3’→5’外切酶活性,扩增产物为平端。
产品组份:
Pfu DNA Polymerase(1 U/μl):100 μl
2×PCR buffer:1.25 ml×2
dNTP Mix(10 mM each):100 μl
10×Loading buffer:1.25ml
活性定义:用活性化的大马哈鱼精子DNA作为模板/引物,74℃30分钟内,摄入10 nmol的全核苷酸为酸性不溶物的活性定义为1个活性单位(U)。
质量控制
核酸外切酶残留检测:10 U本品和0.6 μg λ-Hind Ⅲ在74 ºC下孵育1小时,DNA的电泳谱带不发生变化。
核酸内切酶残留检测:10 U本品和0.6 μg Supercoiled pBR322 DNA在74 ºC下孵育1小时,DNA的电泳谱带不发生变化。
大肠杆菌残留DNA检测: 50 μl体系中,加入2U本品,以ddH2O为模板,扩增E.coil 16s rDNA基因。35个循环后扩增产物进行1% 琼脂糖凝胶电泳,EB染色,无扩增条带。
功能检测1:50 μl PCR体系中加入1U本品,以100 ng人基因组DNA为模板扩增30个循环,1% 琼脂糖凝胶电泳,EB染色,观察到单一的8.2 kb条带。
功能检测2:50 μl PCR体系中加入1U本品,以10 ng λDNA为模板扩增30个循环,1% 琼脂糖凝胶电泳,EB染色,观察到单一的15 kb条带。
1 推荐反应体系及反应程序
1.1 反应体系配制:
a. 所Pfu DNA Polymerase 是基于Pfu DNA Polymerase改造而成的新一代超保真DNA聚合酶,具有极高的扩增效率和广泛的模板适应性,可用于几乎所有PCR反应。其行进性 (processivity)得到了大幅度提升,即使是非常复杂的模板,也能准确快速的完成反应。其错配率是普通Taq酶的1/53,是Pfu酶的1/6;
与上一代Pfu DNA Polymerase相比,Pfu中添加了独特的延伸因子、特异性促进因子以及平台期解YZ因子,使其长片段扩增能力、扩增特异性性以及扩增产量方面得到了大幅度提升:1)使用λDNA、质粒等简单模板,Pfu 可以有效扩增长达40 kb的片段;2)使用基因组DNA等复杂模板,Pfu可以有效扩增长达20 kb的片段;3)使用cDNA模板,Pfu可以有效扩增长达10 kb的片段。此外,Pfu对PCRYZ剂具有良好的抵抗能力,可用于细菌、真菌、植物组织、动物组织或全血样品的直接PCR。II Pfu中添加了在常温下能够YZ其5’→3’聚合酶活性和3’→5’外切酶活性的两种单克隆抗体,可进行高特异性的热启动PCR。
该酶具有5’→3’聚合酶活性和3’→5’外切酶活性,扩增产物为平端。
产品组份:
Pfu DNA Polymerase(1 U/μl):100 μl
PCR buffer:1.25 ml×2
dNTP Mix(10 mM each):100 μl
10×Loading buffer:1.25ml
活性定义:用活性化的大马哈鱼精子DNA作为模板/引物,74℃30分钟内,摄入10 nmol的全核苷酸为酸性不溶物的活性定义为1个活性单位(U)。
质量控制
核酸外切酶残留检测:10 U本品和0.6 μg λ-Hind Ⅲ在74 ºC下孵育1小时,DNA的电泳谱带不发生变化。
核酸内切酶残留检测:10 U本品和0.6 μg Supercoiled pBR322 DNA在74 ºC下孵育1小时,DNA的电泳谱带不发生变化。
大肠杆菌残留DNA检测: 50 μl体系中,加入2U本品,以ddH2O为模板,扩增E.coil 16s rDNA基因。35个循环后扩增产物进行1% 琼脂糖凝胶电泳,EB染色,无扩增条带。
功能检测1:50 μl PCR体系中加入1U本品,以100 ng人基因组DNA为模板扩增30个循环,1% 琼脂糖凝胶电泳,EB染色,观察到单一的8.2 kb条带。
功能检测2:50 μl PCR体系中加入1U本品,以10 ng λDNA为模板扩增30个循环,1% 琼脂糖凝胶电泳,EB染色,观察到单一的15 kb条带。
1 推荐反应体系及反应程序
1.1 反应体系配制:
a. 所有操作请在冰上进行,各组分解冻后请充分摇匀。为了防止II Pfu DNA Polymerase的校对活性降解引物,请将聚合酶加入反应体系中。各组分使用完毕后及时放回-20℃。、
ddH2O | to 50 μl |
2×PCR buffer a | 25 μl |
dNTP Mix(10 mM each)b | 1 μl |
模板DNAc | optional |
引物1(10 μM) | 2 μl |
引物2(10 μM) | 2 μl |
Pfu DNA Polymerase(1 U/μl)d | 1 μl |
【注】:a. 2×II PCR buffer中已含有Mg2+,终浓度为2mM。
b. 请勿使用dUTP和带有尿嘧啶的引物或模板。
c. 不同模板反应浓度有所不同,下表为50 μl反应体系推荐模板使用量:
基因组DNA | 50 ng~400 ng |
质粒或病毒DNA | 10 pg~30 ng |
cDNA | 1~5 μl(不超过PCR反应总体积的1/10) |
d. 推荐的酶的终浓度为1U/50 μl反应。然而,根据扩增子的长度和复杂程度不同,可将酶的使用量在0.5-2U/50 μl反应之间进行优化。II Pfu DNA Polymerase具有较强的校对活性,因此,如扩增产物需要进行TA克隆,加A之前必须进行DNA纯化。
1.2 一般PCR反应条件设置:
循环步骤 | 温度 | 时间 | 循环数 |
预变性a | 95℃ | 30 sec~3 min | 1 |
变性 | 95℃ | 15 sec | 25~35循环 |
退火b | 56℃~72℃ | 15 sec |
延伸c | 72℃ | 30~60sec/kb |
彻底延伸 | 72℃ | 5 min | 1 |
【注】:a. 推荐大多数模板的预变性温度为95℃,时间为:质粒或病毒DNA,30 sec,基因组/cDNA为3 min;
b.一般来说,退火温度设置为引物Tm值。如引物Tm值≥72℃,可删除退火步骤,直接进行后续的延伸步骤(两步法PCR)。如果需要,可以建立一个温度梯度反应去寻找Z适引物模板结合温度。此外,退火温度直接决定扩增特异性。如发现扩增特异性差,可适当提高退火温度,每次+3℃。
c.延长延伸时间有助于提高扩增产量。
1.3 长片段PCR 扩增:
*使用高质量的模板,提高模板使用量;
*使用长引物。
*当推荐程序无法进行扩增时,建议尝试下述Touch Down两步法PC
*Touch Down两步法推荐反应条件设置:
循环步骤 | 温度 | 时间 | 循环数 |
预变性 | 95℃ | 3 min | 1 |
变性 | 95℃ | 15 sec | 5 |
延伸 | 74℃ | 60 sec/kb |
变性 | 95℃ | 15 sec | 5 |
延伸 | 72℃ | 60 sec/kb |
变性 | 95℃ | 15 sec | 5 |
延伸 | 70℃ | 60 sec/kb |
变性 | 95℃ | 15 sec | 5 |
延伸 | 68℃ | 60 sec/kb |
彻底延伸 | 68℃ | 5 min | 1 |
2. 复杂样品的扩增
Pfu具有的长片段扩增能力、扩增特异性以及扩增产量,对许多PCRYZ剂具有良好的抵抗能力,可用于细菌、真菌、植物组织、动物组织或全血样品的直接PCR。推荐扩增的样品类型:
样品类型 | 扩增方式 | 推荐操作方式(50µl体系) |
全血 | 直接扩增 | 吸取1-5µl作为扩增模板 |
滤纸干血渍 | 直接扩增 | 剪取1-2mm2滤纸作为扩增模板 |
培养细胞 | 直接扩增 | 取少量细胞作为扩增模板 |
酵母 | 直接扩增 | 挑取单克隆或1µl菌液作为模板 |
细菌 | 直接扩增 | 挑取单克隆或1µl菌液作为模板 |
霉菌 | 直接扩增 | 挑取少量作为扩增模板 |
精液 | 直接扩增 | 吸取少量作为扩增模板 |
浮游生物 | 直接扩增 | 挑取少量作为扩增模板 |
植物组织 | 直接扩增 | 剪取1-2 mm2 组织作为扩增模板 |
小鼠尾巴 | 裂解后吸取裂解液扩增 | 吸取1-5 μl 裂解液作为扩增模板* |
食品 | 裂解后吸取裂解液扩增 | 吸取1-5 μl 裂解液作为扩增模板* |
*样品裂解液制备过程:
**Lysis Buffer:20 mM Tris-HCl,100 mM NaCl,1 mM EDTA,0.1% SDS,pH 8.0。(需自备)
引物设计注意事项
1)引物3’端一个碱基Z好为G或者C;
2)引物3’端8个碱基应避免出现连续错配;
3)引物3’端尽量避免发夹结构出现;
4)引物的Tm值调整至55℃-65℃之间。
5)引物额外附加序列,即与模板非配对序列,不应参与引物Tm值计算;
6)引物的GC含量控制在40%-60%之间;
7)正向引物和反向引物Tm值以及GC含量尽可能一致。
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温馨提示:不可用于临床ZL。