产品简介
扩增子测序,即对特定长度的PCR产物或者捕获的片段进行测序,主要包括16S rDNA测序、18S rDNA测序及ITS测序等。扩增子测序通常是选择某个或某几个变异区域,利用保守区设计通用引物进行PCR扩增,然后对高变区进行测序分析和菌种鉴定,具有所需样本量少、高通量和高精确性等特点。
数据分析策略
1.从测序所得的原始数据出发,首先对原始数据进行质控,得到有效数据(Clean Data);
2.基于有效数据进行OTUs(Operational Taxonomic Units)聚类;
3.根据OTUs聚类结果,一方面对每个OTU的代表序列做物种注释,得到对应的物种信息,另一方面将各个样品的有效数据,和代表序列进行比对,获得对应OTU在各个样品中的丰度分布情况;
4.基于构建好的OTU丰度表,获得不同分类层级的物种丰度表;
5.基于OTU丰度表及不同分类层级的丰度表,进行样品微生物群落组成分析;
6.基于OTU丰度表及不同分类层级的丰度表,进行Alpha多样性和Beta多样性分析;
7.根据研究需求,可选择高级分析,深入挖掘样品中的物种组成和差异。
数据分析内容
分析类别 | 分析内容 |
样品微生物群落组成分析 | 样品菌落组成柱状图 | |
Heatmap图 | |
样品间OTU分布Venn图 | |
Alpha diversity分析 | 多样性指数统计 | |
稀释曲线(Rarefaction Curve) | 多样性组间差异 |
Chao1曲线 | |
Shannon-Wiener 曲线 | LEfSe分析 |
Rank-Abundance 曲线 | |
Beta diversity分析 | 样品间相似性指数 | |
PCoA分析 | |
样品聚类分析 | |
高级分析菜单 | RDA/CCA 分析 | NMDS分析 |
关联分析 | Network分析 |
PICRUSt 分析 | 随机森林分析 |