【嘉美实验】环状RNA（circRNA）是区别于传统线性RNA的一类新型RNA，具有闭合环状结构，大量存在于真核转录组中。大部分的环状RNA是由外显子序列构成，在不同的物种中具有保守性，同时存在组织及不同发育阶段的表达特异性。由于环状RNA对核酸酶不敏感，所以比线性RNA更为稳定，这使得环状RNA在作为新型诊断标记物的开发应用上具有明显优势。近来研究显示，环状RNA在不同物种中起到miRNA海绵的作用，称之为竞争性內源RNA（ceRNA），能竞争性结合miRNA。而与疾病关联性miRNA的相互作用说明环状RNA对疾病的调控起着非常重要的作用。
为了能够更好的研究circRNA，Arraystar开发了市场上款circRNA芯片。其circRNA来源融合了环状RNA研究的标志性文献，所有cicrRNA都经过了严谨的实验验证，使得对不同生理及病理条件下的circRNA转录组进行系统研究成为了可能。同时我们对所有的circRNA都用高匹配值的miRNA靶标位点进行了标注，这将有利于对circRNA作为天然miRNA海绵功能的研究。
Arraystar的circRNA芯片目前涵盖了人和小鼠。每一个circRNA对应一个剪接点探针，能准确可靠的检测单一circRNA，即便在对应线性RNA存在的情况下也具有高特异性。随机引物反转标记系统和样品的RNase R预处理确保了circRNA的GX特异性标记。此外，RNA spike-in对照的设置能很好的监控样品标记和芯片杂交效率。
嘉美实验为您提供一站式circRNA芯片技术服务，您只需要提供保存完好的组织或细胞标本，嘉美的技术服务人员就可为您完成全部实验操作，并提供完整的实验报告。
Arraystar环状RNA芯片产品列表 | 芯片名称 | 芯片 | 描述 |
NEW Human Circular
RNA Array Service | Human Circular
RNA Array | 5396 human
circular RNAs |
NEW Mouse Circular
RNA Array Service | Mouse Circular
RNA Array | 1797 Mouse
circular RNAs |
Arraystar环状RNA芯片特点1、优化的特异性标记流程能够有效的去除线性RNA，特异性标记circRNA
*图释：环状RNA标记流程：1）RNase R预处理有效地去除线性RNA；2）基于随机引物的反转标记系统有效的标记circRNA。
2、剪接点特异性的探针能准确可靠的检测circRNA，即便在相应线性RNA存在的情况下也能特异性检测circRNA
*图释：Arraystar 环状RNA芯片采用了针对特异性剪接点的探针。 线性RNA经过不同的方式拼接：外显子A 的5’端和外显子B的3’端连接，形成环状RNA。Arraystar以circRNA特异性拼接位点作为靶标序列，设计芯片探针，即使在相应的线性RNA存在的情况下也可以准确的检测circRNA。
3、 详细的circRNA注释Arraystar miRNA靶基因预测软件对circRNA上的保守miRNA的结合位点进行了预测，并对其中匹配分值较高的位点进行了注释。此外，我们还提供了与circRNA对应的线性mRNA信息。根据信息，客户可以很方便的从miRNA海绵的角度研究circRNA的作用机制和生物功能。
*图释：详细的circRNA注释：1）与circRNA对应的线性mRNA信息；2）circRNA上匹配度比较好的保守miRNA的结合位点。
4、Spike-in RNA对照在RNA样品中加入一组由ERCC (External RNA Controls Consortium)开发的外源性RNA，可以对RNA扩增，标记和芯片杂交过程中产生的实验偏差进行校正。更为准确地判定检测方法的局限性，同时增加样本间结果比较的可靠性。
5、性能保证6、高灵敏度：能准确检测跨域5个数量级的低丰度RNA
7、高重复性：Arraystar circRNA 芯片实验的技术重复组之间具有很好的相关性（R2>0.9）
环状RNA芯片实验服务主要流程1、样品RNA抽提a. 实验对象为组织样品，取适量（50-100mg）新鲜组织样品或正确保存的组织样品，加1ml的RNA抽提试剂TRIzol（Invitrogen），匀浆后抽提RNA。
b. 实验对象为细胞样品，每份样品取1×106～1×107细胞，完全吸去培养液后加1ml的RNA抽提试剂TRIzol，裂解后抽提RNA。
2、 RNA质量检测a. 使用Nanodrop测定RNA 在分光光度计260nm、280nm和230nm的吸收值，以计算浓度并评估纯度。
b. 用甲醛电泳试剂进行变性琼脂糖凝胶电泳，检测RNA纯度及完整性。
c. 提供RNA QC报告。
3、RNase R处理4、 cDNA/aRNA样品合成和标记5、标记效率质量检测使用Nanodrop检测荧光标记效率，标记效率合格以保证后续芯片实验结果的可靠性。
6、芯片杂交在标准条件下将标记好的探针和高密度基因组芯片进行杂交。
7、 图像采集和数据分析使用GenePix 4000B芯片扫描仪扫描芯片的荧光强度，并将实验结果转换成数字型数据保存，使用配套软件对原始数据进行分析运算。
8、提供实验报告a. Scanning Image: Cy3荧光扫描图像；
b. Scatter Plot: 散点图，X轴为Control信号值，Y轴为Experiment信号值，表示信号数据总体分布趋势；
c. Raw Data: 探针的扫描荧光信号强度原始数据；
d. Normalized Data: 经过统计学方法标准化后数值；
e. P–value: T-test统计分析显著差异表达的基因，p-value越小，该circRNA在两组样本间差异表达越显著；
f. Significant Up & Down Regulated CircRNA List: 显著差异表达的circRNA列表包含Fold Change, p-value以及circRNA的详细注释信息（相应的线性mRNA和miRNA结合位点）。
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