454深度测序
2008年10月,在原来测序的基础上,454推出了全新的GS FLX Titanium系列试剂和软件,让GS FLX的通量一下子提高了5倍,准确性和读长也进一步提升。
ROCHE公司ZX一代454(GS FLX Titanium),相对于升级前的454来说,读长更长,可达400bp, 一次反应获得reads数更多,最多可达80万reads。
与ABI的SOLID和Illumina公司的GAIIx相比,由于读长较长,尤其适合于Denovo测序和新物种的转录组测序。
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技术特点:
• 速度快:一个测序反应耗时10个小时,获得4-6亿个碱基对。比传统的Sanger测序的方法快100倍;
• 读长长:单个序列的读长更长,平均可达到400个碱基左右;
• 通量高:每个反应可以得到80万个序列读长;
• 准确度高:单一读长的准确性可以超过99%;
• 一致性好:测序结果一致性超过99.99%;
• 简便GX:不需要进行建库、克隆挑取、质粒提取等烦琐的工作。
服务内容:
1、转录组测序:承诺指标:大于60万条reads/run,平均读长大于300bp/reads。 时间30工作日。
2、微生物基因组测序:20~30倍覆盖率;草图:4周,完成图:4~8周。
服务流程:
1. 样品抽提与质控,保证获得20ug高质量的RNA或DNA;
2. 文库构建;
3. 454测序;
4.拼接组装BLAST;
5. 功能注释。
服务方简介:
SeqWright Inc.位于美国休斯顿,成立于1994年,已经发展成为专注于深度测序的CRO服务公司,拥有各种深度测序设备及成熟的服务经验。
欧易公司拥有各种物种的RNA样品处理以及文库构建方面的成熟经验,可以高质量地完成客户样品的RNA抽提及质控,并进行高质量建库。
经欧易建库后样品重新编号,交给SeqWright Inc.进行454测序,获得的数据结果传回后,欧易公司对数据进行生物信息分析后交付客户。
前期经验表明,针对转录组测序,一个run的数据经BLAST,获得的大于300bp的contig数一般都在12000~15000个,与传统测序相比,显示出极高的性价比,时间方面更是具有JD优势,454深度测序在大幅度节省经费的同时,大大提速了研究进程。