比较基因组杂交芯片(aCGH)技术服务

比较基因组杂交芯片(aCGH)技术服务
 

     异常的DNA拷贝数变化（CNV）是许多人类疾病（如癌症、遗传性疾病、心血管疾病）的一种重要分子机制。作为疾病的一项生物标志，染色体水平的缺失、扩增等变化已成为许多疾病研究的热点，然而传统的方法（比如G显带，FISH，CGH等）存在操作繁琐，分辨率低等问题，难以提供变异区段的具体信息。

    基于芯片技术的比较基因组杂交（aCGH ：array-based Comparative Genomic Hybridization）平台解决了上述问题。通过在一张芯片上用标记不同荧光素的样品（病例样品和对照样品）进行共杂交可检测样本基因组相对于对照基因组的DNA拷贝数变化（CNV），常用于肿瘤或遗传性疾病全基因组CNV检测，直观地表现出肿瘤及遗传性疾病基因组DNA在整个染色体组的缺失或扩增。对肿瘤而言缺失片段可能包含抑癌基因，而扩增片段则可能存在致癌基因。

Agilent CGH芯片产品

    Agilent推出了不同覆盖度CGH芯片产品，便于不同需求的客户根据自身的需求选择合适的产品。Agilent的180K CGH芯片针对UCSCZX数据库设计探针，覆盖了人，大鼠，小鼠的整个基因组。探针长度为60 mer，可以确保Tm值均一化并且提供更好的信噪比和灵敏度。针对人的全基因组，Agilent还推出了1M超高密度aCGH芯片，单张芯片上有96万个覆盖全基因组的探针，探针平均间距缩小到2.1 kb，以外显子水平的分辨率对目标区域进行分析。利用Agilent CGH芯片平台已发表了多篇高质量论文，被收录在Nature，Science等DJ科技期刊中。
 

Agilent还提供多个模式物种的CGH芯片，物种包括：鸡，牛，狗，猕猴，黑猩猩，水稻。

康成生物aCGH技术服务主要实验流程

    1. 样品超声打断基因组

待测样品（Test）和对照样品（Reference）基因组DNA样本超声剪切成低分子量片段；

    2. 荧光标记

对Test（Cy5）和Reference（Cy3） DNA样品进行标记。

    3. 芯片杂交

标记后的Test 和Reference DNA样品混合、变性后与CGH芯片进行共杂交。

    4. 图像采集和数据分析

使用芯片扫描仪扫描芯片的荧光强度，并将实验结果转换成数值型数据保存，使用专业商用分析软件对原始数据进行分析运算；

    5. 提供实验报告 包括详细的实验方法和芯片实验数据和图表：

    芯片扫描图： Cy3、Cy5荧光扫描图像；

    原始数据：探针的荧光信号强度原始数据。

    拷贝数发生变化的染色体区段报告：用专业软件分析所有拷贝数发生变化的区段(CNV)的染色体定位和变化倍数以及相关基因信息。

康成客户实例----比较基因组杂交芯片（aCGH）

The properties of tumor-initiating cells from a hepatocellular carcinoma patient’s primary and recurrent tumor. Carcinogenesis, 2009.

    肝癌是死亡率、复发率非常高的恶性肿瘤，目前对其复发的机制知之甚少。本文作者利用Hep-11（原发性肝癌）与Hep-12（复发性肝癌）两个细胞系进行肝癌复发的机制研究。首先利用aCGH（比较基因组杂交芯片）技术对两株细胞的遗传背景进行了比较，发现两者在许多染色体上有共同的缺失或者扩增区域，说明这两株细胞的来源相同。进而探究其分子机制，利用real-time PCR Array芯片技术对84个干细胞相关基因进行了高通量筛查，发现SOX2、Nanog、OCT4等基因都发生了显著变化，暗示它们可能会对肝癌复发产生重要影响。

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