3. 宏基因组 de novo测序 3.1 宏基因组 de novo测序原理 宏基因组测序是对环境样品全部微生物的总DNA进行高通量测序，主要研究微生物的种群结构、基因功能活性、微生物之间的相互协助关系以及微生物与环境之间的关系。宏基因组测序研究摆脱了微生物分离纯化培养的限制，扩展了微生物资源的利用空间，为环境微生物群落的研究提供了有效工具。 其是将微生物基因组DNA随机打断成500bp的小片段，然后在片段两端加入通用引物进行PCR扩增测序，再通过组装的方式，将小片段拼接成较长的序列。其可以在16S测序分析的基础上进行基因和功能层面的深入研究（GO，Pathway等）。
3.2 宏基因组测序技术路线 3.3 宏基因组 de novo测序样品要求 （1）样品采集：采集条件的一致是最为重要的环节，需严格按照标准采样，采样后立即冷冻保存。 （2）样品DNA：环境因素异常复杂，许多物质或YZ因子会影响后续PCR、测序文库构建和序列测定，常规提取方法不一定适合，建议按公司要求采用专用试剂盒提取。基因组DNA浓度＞100 ng/μl，总量＞20 μg，OD 260/280在1.8-2.0之间，并确保电泳检测无明显RNA条带，基因组条带清晰、完整；基因组DNA完全无降解；提供DNA电泳检测照片，用自封袋密封后随样品一起送样。 （3）样品保存期间切忌反复冻融。 （4）送样管务必标清样品编号，管口使用Parafilm膜密封。 3.4 宏基因组 de novo测序结果分析 测序下机的数据经过处理后进行生物信息分析。步骤如下：1）对原始数据进行过滤，去除低质量数据，得到干净数据（Clean Data）进行后续分析；2）通过比对去除源自宿主 DNA 的序列；3）对去除宿主 DNA 后的reads 进行序列组装，并对组装结果进行评估；4）从评估结果中挑选ZJ组装结果，分析物种的组成和丰度、预测基因 ORF 并进行注释分析。
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