10x Genomics linked-reads 基因组重测序_详细资料

产品信息

可提供超长片段的全基因组信息，进行突变检出、单倍体分型和基因组结构鉴定。
能够揭示遗传性疾病的关键变异，并发现与癌症相关的易感位点。

>技术原理 DNA-linked reads

高通量测序基于液滴的试剂输送系统，使用凝胶珠来提供barcode标记的寡核苷酸。
每个barcode序列包括：
(i) an Illumina P5 flow cell primer sequence
(ii) a 16-bp barcode
(iii) an Illumina R1 sequence (read 1 sequencing primer)
(iv) a 10-bp random primer sequence
>含有barcode信息的凝胶珠子与DNA片段和酶的混合物结合，然后被位于微流体“双十字”连接中的油表面活性剂液滴包裹。
>液滴非常小，仅能容纳一个凝胶珠子，液滴流到储液器中被收集后，凝胶珠溶解释放引物序列，扩增DNA片段。
>将每个液滴中含有barcode信息的产物混合，然后进行加测序接头P7及测序引物R2等传统二代测序的建库过程。
（图片来源：10x Genomics ChromiumGenomeSolutionApplication）
>样本要求

DNA样本：>50Kb，浓度>200ng/μl，总量>2.5µg。

全血：>1ml (EDTA抗凝)，冰袋运输；冻存血液，干冰运输。

动物组织：>0.2mg，干冰运输。

植物组织：>1g，干冰运输。

昆虫样本：>2g，干冰运输。

>技术优势

仅需1ng基因组DNA即可进行长片段建库

利用barcode信息将NGS短reads拼接成约100kb的大片段信息

通过Barcode进行基因分型并分辨多种结构变异

>分析内容

利用10x Genomics自带软件longranger进行比对和变异检测，其中比对使用的软件是Lariat（以BWA为内核），SNP和INDEL检测使用的软件是FreeBayes。

分析内容有：与参考基因组比对分析；统计测序深度；获得Linked-Reads信息；进行Mb水平的单倍体分型及 SNV / InDel / SV（含CNV）的检测等，并可得到Loupe可视化报告。

>应用方向

染色单体分型

SNP和InDel检测

结构变异检测

拷贝数变异检测。

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