Small RNA测序简介
Small RNA是生命活动重要的调控因子,几乎存在于所有的生物体中,包括:microRNA、ncRNA、siRNA、snoRNA、piRNA、 rasiRNA等。它们分别在转录水平、转录后水平及表观遗传水平等方面控制基因的表达,组成RNA 调控网络,通过调控包括细胞增殖、分化和凋亡等一系列生理进程,来影响生物体的生长发育,并与多种人类疾病的发生密切相关。 第二代高通量测序技术,可以在没有生物体基因组参考序列信息的前提下,从而快速全面检测小分子RNA,具体而言,通过RNA样品提取纯化、page凝胶电 泳分离出目标大小RNA、cDNA文库建立、高通量测序和数分析等步骤一次性获得数百万条小分子RNA序列,用于新的小分子RNA发现,或小分子RNA表 达谱研究。 。
Illumina Small RNA样品制备主要包括以下几个内容
1)将总RNA跑TBU变性胶,回收16-30nt的Small RNA;
2)5' adaptor 连接并纯化回收连接产物;
3)3' adaptor 连接并纯化回收连接产物;
4)RT-PCR并回收~92bp大小的条带。
标准数据分析流程
Small RNA测序分析汇总(2012)
类别 | 分析内容 | 简介 |
基础分析 | 测序reads质量评估 | |
样本污染评估 | |
reads比对到基因组 | |
miRNA序列特征统计 | 长度,序列特征 |
miRNA前提预测 | 需要参考基因组;若无与已有数据库比对 |
miRNA前提二级结构预测 | |
miRNA丰度衡量 | |
样品间差异比较分析 | 多个样品测序 |
功能富集分析 | GO/KEGG分析 |
生物学通路展示 | |
高级分析 | 富集所得GO关系图 | GO关联图 |
新miRNA预测 | 预测可能的新miRNA |
miRNA家族分类 | 按照公共数据库已有家族对miRNA进行分类评估 |
miRNA靶基因预测 | 有参考基因 |
miRNA靶基因调控网络构建 | |
miRNA-mRNA靶基因联合分析 | 至少4个样品同时测mRNA和MicroRNA |
生物网络分析 | 构建基因间网络,图示并给出节点重要性,起始基因少于50个 |